Kaguya Ōtsutsuki ataca

Extraído del tramo final del manga, este arco abarca los capítulos 678 a 699 a lo largo de los volúmenes 70 a 72, y en el anime se divide en dos mitades tituladas Los orígenes del Ninshū y El capítulo de Naruto y Sasuke. Introduce a la princesa Kaguya Ōtsutsuki, la fuente de todo el chakra, y traza su repentino regreso y su intento de apoderarse del mundo. La historia sigue al Nacimiento del jinchūriki del Diez Colas y conduce a The Last, el epílogo y posteriores historias secundarias.

Momentos después de que se desate el Tsukuyomi Infinito, Zetsu Negro se vuelve contra Madara, lo apuñala y revela que siempre ha portado la voluntad de Kaguya. Usando a Madara como recipiente, resucita a la diosa conejo en la era presente. Kaguya dispersa al Equipo Kakashi y a Obito a través de una serie de dimensiones cambiantes, desde yermos de lava hasta picos helados y vacíos desérticos, y solo el vuelo recién adquirido de Naruto y la teletransportación de Sasuke los mantienen con vida. Sasuke es arrojado a un reino aislado, obligando a Obito y Sakura a montar un rescate mientras Naruto entretiene a la diosa con oleadas de clones.

La batalla cobra un alto precio. Obito protege a los demás de un golpe letal y muere, pero no sin antes restaurar el Mangekyō Sharingan gemelo de Kakashi para que su viejo camarada pueda seguir combatiendo. Con Hagoromo guiando al equipo reunido, Naruto y Sasuke imprimen sus marcas de sol y luna en Kaguya y completan el Chibaku Tensei de los Seis Caminos, sellándola y liberando a las bestias con cola. Hagoromo y los Kage reunidos invocan entonces a todos de regreso a casa, pero Sasuke revela un plan más oscuro: ejecutar a los cinco Kage y rehacer el orden shinobi con él mismo como enemigo compartido.

Naruto y Sasuke llevan su rivalidad al Valle del Fin, intercambiando jutsu titánicos hasta que ambos colapsan, cada uno perdiendo un brazo en el choque final de Rasengan y Chidori. Al despertar lado a lado, Sasuke por fin acepta a Naruto como amigo y vencedor, y los dos disipan juntos el Tsukuyomi Infinito, liberando al mundo y matando al Tobi liberado. Konoha celebra funerales, incluido un memorial por Neji, y Sasuke es encarcelado antes de que se gestione un indulto mediante las súplicas de Naruto. Kakashi sucede a Tsunade como el Sexto Hokage, Tsunade elabora brazos artificiales para los dos rivales, y Sasuke parte en busca de redención, recuperando el protector de frente que Naruto le devuelve.