Arco de Anbu de Kakashi: El shinobi que vive en la oscuridad

Cubriendo los episodios 349 a 361, este arco es una producción exclusiva del anime de Naruto: Shippūden insertada en medio del clímax de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi. Retrocede al servicio de Kakashi en las operaciones negras del Anbu, usando su historia para iluminar también los pasados de Yamato e Itachi Uchiha. Los eventos se desarrollan a lo largo de aproximadamente una década, desde el ascenso de Minato como Hokage hasta la noche en que cayó el clan Uchiha.

Atormentado por su papel en la muerte de Rin, Kakashi es colocado en el Anbu por Minato, donde mata sin dudar hasta que se le asigna un deber de vigilancia más suave sobre la embarazada Kushina para estabilizarlo. Después de que Minato y Kushina mueren conteniendo al Nueve Colas, Danzō recluta a Kakashi en Root, donde encuentra por primera vez a un niño que maneja el Elemento Madera. Intrigado, Kakashi indaga en los experimentos enterrados de la aldea, frustra un complot contra Hiruzen y perdona al niño del Elemento Madera, al sentir su valor para Konoha.

Cuando salen a la luz los crímenes de Orochimaru, Hiruzen no se atreve a matar a su estudiante y lo deja huir. Danzō envía al niño, Kinoe, para ayudar en la fuga, involucrando tanto a él como a Kakashi con el condenado clan Iburi, un pueblo capaz de convertirse en humo al que Orochimaru masacra por su habilidad. Kinoe y Kakashi salvan a la superviviente Yukimi y aprenden a confiar el uno en el otro, y más tarde, ordenado de robar el Sharingan de Kakashi, Kinoe en cambio lo protege y toma el nombre en clave Tenzō tras unirse al Anbu de Hiruzen.

Años después, un joven Itachi entra al Anbu mientras Danzō le asigna vigilar a su propio clan. A medida que las tensiones hierven hacia un golpe de estado, Danzō roba el ojo de Shisui, impulsando a Shisui al suicidio y despertando el Mangekyō Sharingan de Itachi. Itachi finalmente aniquila a los Uchiha, perdonando solo a Sasuke y asegurando la promesa de Hiruzen de protegerlo.

Con la masacre detrás de él, Kakashi es dado de baja del Anbu y se le dice que será mentor de un escuadrón de genin. Marcado por las pérdidas de su propio equipo, reprueba repetidamente a candidatos que descuidan el trabajo en equipo, hasta que un trío capta su atención: el hijo huérfano de su sensei, el hermano menor de Itachi y una kunoichi astuta. Cuando comprenden que ayudar a un camarada pesa más que las reglas, Kakashi los aprueba y se convierte formalmente en el líder del Equipo 7, cerrando el ciclo de sus años más oscuros.