Mereka yang Menantang Matahari

Empat tahun setelah malam menghancurkan ketika mereka mencoba menghidupkan kembali ibu mereka, Edward dan Alphonse Elric mengejar rumor tentang sebuah batu yang dikatakan memperkuat alkemi dan memulihkan tubuh yang direnggut ritual tersebut dari mereka. Kilas balik singkat memutar ulang bencana itu: kedua anak itu mencoba transmutasi manusia terlarang pada ibu mereka yang telah meninggal, pantulan alkimia merenggut kaki Edward dan seluruh tubuh Alphonse, dan penyintas yang bersimbah darah itu mundur dengan ngeri melihat makhluk cacat yang dihasilkan alkemi mereka sebagai penggantinya.

Pada masa kini kedua bersaudara itu tiba di Reole, sebuah kota gurun yang ramai membicarakan seorang pendeta bernama Cornello yang konon melakukan mukjizat. Seorang wanita misterius di kedai makanan, yang samar-samar diingat Edward, menyebutnya sebagai Fullmetal Alchemist, yang membuat penduduk setempat mengira Alphonse yang berbaju zirah adalah Alkemis Negara dan menarik kedua bersaudara itu ke dalam lingkaran seorang wanita muda bernama Rose. Rose telah dijanjikan kebangkitan kekasihnya yang telah meninggal, Cain, sebagai imbalan atas pengabdiannya, tetapi ketika Edward dan Alphonse menghadiri salah satu Pertemuan Mukjizat Cornello, mereka mengenali apa yang disebut keajaiban itu sebagai alkemi biasa yang melanggar hukum disiplin itu sendiri.

Merasakan ancaman dalam diri Fullmetal Alchemist, Cornello memerintahkan agar kedua bersaudara itu diusir dan berunding dengan wanita misterius tersebut, meyakinkannya bahwa ia memiliki cara lain untuk menyingkirkan mereka. Di sebuah gereja Edward mendorong Rose untuk melihat penipuan itu, mempertentangkan sains dengan kepercayaannya, sebelum salah satu pengikut Cornello, Cray, menembak Alphonse dan mengungkap bagian dalam zirahnya yang kosong. Rose yang ketakutan melarikan diri kepada pendeta, dan Edward menyimpulkan bahwa Cornello menarik kekuatannya dari Philosopher's Stone, bertransmutasi tanpa lingkaran dan mengabaikan pertukaran setara. Pendeta itu melepaskan chimera dan mengubah lantai menjadi pasir untuk menyapu Alphonse dan menghentikan Edward menggambar lingkaran, hanya untuk Edward mengungkap bahwa ia juga dapat bertransmutasi tanpa lingkaran, menempa sebuah tombak. Cornello membalas dengan mengembangkan burung di bahunya menjadi penyerang mengerikan. Lengan kanan mekanis dan kaki kiri Edward membawanya melewati serangan itu, ia dengan cepat melumpuhkan kedua makhluk tersebut, dan Cornello dengan tepat menebak bahwa kedua bersaudara itu pernah mencoba transmutasi manusia, mengenali Edward sebagai Fullmetal Alchemist.

Meskipun ini membuka seri tahun 2003, peristiwanya sebenarnya terjadi setelah Episode 9 dalam kronologi internal, karena Episode 3 hingga 9 menguraikan latar belakang kedua bersaudara itu. Episode ini mengambil materinya dari Bab 1, Bab 2, dan Bab 23. Kilasan pengenalan Edward saat melihat wanita misterius itu tetap tidak dijelaskan sampai Episode 4, yang berlatar kilas balik kedua bersaudara itu, ketika terungkap bahwa ia pernah melihatnya sekilas di sebuah pemakaman. Burung raksasa yang disulap Cornello, bersama dengan kegemarannya pada burung beo secara umum, unik untuk adaptasi ini; dalam manga dan anime tahun 2009 hanya chimera yang menunggu yang melawan Edward. Lagu Melissa dari Porno Graffitti diputar pada akhir episode ini dan kemudian menjadi lagu pembuka untuk dua belas episode berikutnya, sementara lagu Kesenai Tsumi dari Nana Kitade berfungsi sebagai lagu penutup sepanjang periode tersebut.