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『自宅の時間』は『暗殺教室』の番外編第1話であり、単行本第21巻に収録された読み切りのサイドストーリーである。雪深き冬の日に、小さな酒場で殺せんせーと遭遇する雇われ殺し屋たちの姿を描く。

『暗殺教室』の第1話では、椚ヶ丘中学校3年E組の担任となった超人的なタコ型の生物が登場する。彼は月を三日月に破壊し、世界を滅ぼすと脅迫しつつ、自らを殺すために賞金を懸けられた生徒たちの指導を引き受ける。

ライトノベル『殺たんD』の第1話（題名：『入学試験の時間』）。大雪によって元3年E組の生徒たちの大学受験日程が乱れる中、カルマは偶然を装って茅野と再会するための卒業旅行を計画し、クラスメイトを集めようとする。

『野球の時間』は、3年E組に在籍する野球少年・杉野を中心に描かれる。彼は細工した変化球で殺せんせーの狙撃を試みる。失敗に終わった暗殺の試みは、殺害対象そのものからのフォーム指導とモチベーションの講義へと変貌していく。

ノベライズ『殺たんD』の第2章『卒業旅行の時間』。元3年E組の卒業生たちは、律が収集した写真を分析した竹林の情報をもとに寺院のセットを特定し、茅野が撮影を行っている『ゴールドシティ』の海外ロケ地へと飛ぶ。彼らの突然の登場により、共演者のジェローム・マーチとのキスシーンの撮影中に茅野は動揺してしまう。

『暗殺教室』の第2話。対先生BB弾を仕込んだ野球ボールで殺せんせーを討ち取ろうとする杉野の試みは失敗するが、殺せんせーは彼をプロ投手の有田と比較して指導する。杉野はキレのあるチェンジアップを習得し、野球への情熱を取り戻す。全23ページのストーリーで、有田が初登場する。

『暗殺教室』の第3話では、失敗に終わった伏撃がコメディ劇へと変貌し、3年E組は担任教師の弱点を初めて記録する。また、烏間が体育教師として着任し、停学中の問題児の復帰に向けたお膳立てがなされる。

「素性の時間」は『暗殺教室』の番外編第3話で、単行本第21巻に収録されている。雇われた殺し屋たちが、悪徳闇金から囚われのアズサを解放するために行動し、冬のサイドストーリーを締めくくる。

ノベライズ『殺たんD』の第3章「撮影の時間」。相次ぐ遅延により映画のラインプロデューサーが降板した際、カルマは元3年E組のメンバーを代替スタッフとして提案する。岡島がワイヤーで吊られたカメラワークでジェロームの走るシーンに追従し、監督を感銘させてクラス全体が現場スタッフの信頼を勝ち取る。

『殺たんD』の第4章「誘惑の時間」。ジェローム・マーチのしつこいナンパがクラスの怒りとカルマの復讐を招き、一日の終わりには遊覧船での散策中に渚とカエデがダンスを踊る。

第5話では、担任の暗殺をゲームのように扱うクラスの問題児、赤羽業（カルマ）にスポットが当てられる。彼の挑発に対し、殺せんせーは思いもよらない形で応じ、命がけのいたずらを手作りの軽食を添えたレッスンへと変えてしまう。

小説『殺たんD』の第5話『泥棒の時間』。本物の仏像が偽物とすり替えられ、元3年E組の生徒たちは暗殺教室時代の戦術を駆使して、スタントマンのラワン率いる泥棒一味を追跡する。

「二択の時間」は漫画『暗殺教室』の第6話であり、記念すべき単行本第1巻に収録されている。2012年8月に掲載されたこの初期エピソードでは、殺せんせーと3年E組の生徒たちに焦点を当てている。

『殺たんD』の第6章「隣り合わせの時間」。カエデがラワンに人質にとられる中、クラス全員で屋上での救出作戦を展開し、渚は殺せんせーから学んだ技術で決着をつける。

「毒の時間」は『暗殺教室』の第7話であり、奥田愛美による殺せんせーへの無防備な毒殺の試みが言葉の力に関する授業へと変わり、新たなプロの殺し屋が3年E組に向けて動き出す。

小説『殺たんD』の第7話にして最終章『演技の時間』。クラス一同が忍者役に配役され、カルマがジェロームのスタント吹き替えを務める中、カエデの台本にないビンタが予定されていたキスシーンに取って代わり、ジェロームを退けさせる。物語は、カエデがかつて渚から贈られた命を救うキスを思い返しながら幕を閉じる。

「胸の時間」は『暗殺教室』の第8話であり、単行本第2巻に収録されている。全19ページで構成され、2012年に『週刊少年ジャンプ』で掲載された。殺せんせーと2人の大人の教師に加え、3年E組のほぼ全員が集結している。

「大人の時間」は、『暗殺教室』の第9話であり、単行本第2巻に収録されている。全19ページの本エピソードは2012年9月に「週刊少年ジャンプ」に掲載され、冒頭のスポットライトをクラスの大人の家庭教師であるイリーナ・イェラビッチに当てている。

『暗殺教室』の第10話「プロの時間」は、単行本第2巻の巻頭を飾るエピソードである。元の記事はあらすじが記載されていないスタブであるが、連載初期の重要回として位置づけられ、誌面に登場する3年E組の多くのメンバーが記録されている。

『集会の時間』は『暗殺教室』の第11話である。単行本第2巻に収録された全19ページの本話では、3年E組が本校舎の生徒や教師と接触し、教師の荒木鉄平が登場するほか、初期のシルエットによって理事長・浅野學峯の存在が匂わされる。2012年9月15日に掲載された。

『暗殺教室』の第12話は、英語タイトル「Time to See the Principal」を持つ。単行本第2巻に収録された本作は、漫画の初期のエピソードであり、後に日本のテレビ番組でボイスコミック（VOMIC）化された。

『くるくるの時間』は漫画『暗殺教室』の第13話であり、単行本第2巻に収録されている。全19ページで2012年に初掲載された本作では、3年E組と殺せんせーが学業に重点を置いた時期に向き合う。

「テストの時間」は、『暗殺教室』の第14話であり、単行本第2巻「大人の時間」に収録されている。2012年の誌面で初掲載され、3年E組の関心をテストへと向けさせ、後にVOMIC（ボイスコミック）化もされた。

『暗殺教室』の第15話（単行本第2巻収録）は、修学旅行編の始まりとなる回であり、レッドアイと竜輝の初登場回でもある。全19ページの本作は2012年10月15日に掲載され、アニメでは第7話「修学旅行の時間 1時間目」として映像化された。

「台無しの時間」は『暗殺教室』の第16話であり、単行本第2巻に収録されている。2012年10月に掲載され、3年E組の修学旅行編に属し、後にアニメ第7話の原作となった。

「しおりの時間」は『暗殺教室』の第17話であり、単行本第3巻に収録されている。2012年後半に発表された本作は、3年E組の修学旅行を描く一連のエピソードの始まりとなり、後にTVアニメ第7話の前半としてアニメ化された。

『赤の時間』は『暗殺教室』の第18話であり、2012年後半に発表され、単行本第3巻に収録された。そのキャストはキャラクター「レッドアイ」を中心に、3年E組の生徒たちとともに烏間や殺せんせーが回想シーンに登場する。

『好奇心の時間』は、2012年11月に発表され単行本第3巻に収録された漫画『暗殺教室』の第19話である。3年E組の生徒たちが集まる回であり、殺せんせーは回想シーンのみに登場し、烏間らも登場する。

『転校生の時間』は『暗殺教室』の第20話であり、2012年11月に発表され、単行本第3巻に収録された。そのタイトルは3年E組への新転校生の到着を示しており、律とイトナの両者がシルエットで登場する。

「改良の時間」は『暗殺教室』の第21話であり、2012年11月下旬に発表され、単行本第3巻に収録された。殺せんせー、イリーナ、烏間とともに、律がキャストの先頭付近に登場する。

『自律の時間』は、2012年12月に発表され単行本第3巻に収録された漫画『暗殺教室』の第22話である。律（自律思考固定砲台）から登場が始まり、3年E組のメンバー全員が顔を揃える。

「湿気の時間」では3年E組に梅雨が訪れ、高湿度で殺せんせーの頭部が膨れ上がる。モテ男の前原が元カノと本校舎の男子グループに公開処刑されると物語はシリアスになり、恩師は報復の計画を練り始める。

『仕返しの時間』では、前原を侮辱した瀬尾と果穂に対するE組の周到な意趣返しが描かれる。変装、下剤入りの弾丸、そして罠を仕掛けた街路樹により、気取ったカフェデートは使用可能なトイレを求めて奔走する大惨事へと変貌する。

『暗殺教室』の第25話のタイトルは「L＆Rの時間」。単行本第3巻に収録されており、熟練の暗殺者ロヴロを3年E組の生徒たちや超人的な担任教師とともに大きく取り上げている。

『師匠の時間』は『暗殺教室』の第26話であり、単行本第4巻の最初の話である。記録されたキャストでは、老殺し屋のロヴロがイリーナ、殺せんせー、そして3年E組の全生徒とともに登場する。

『克服の時間』は漫画『暗殺教室』の第27話であり、単行本第4巻に収録されている。キャストにはロヴロとイリーナが、殺せんせー、烏間、探して3年E組の生徒たちとともに引き続き描かれている。

第28話において、殺せんせーは渚とカルマを海を越えてハワイへ連れ出し、スーパーヒーローの超大作映画を観に行き、飛行中に物理の講義を忍ばせる。この軽快な外出は、新しい転校生とその白いローブをまとった監護者が木々から見つめる中、不穏な余韻を残して終わる。

第29話「転校生の時間 2時間目」は、3年E組への新たな転校生の到来を描き続ける。単行本第4巻に収録され、キャスト陣は新入生の堀部糸成とマントを羽織った擁護者シロを、殺せんせーやクラスの面々とペアにしている。

「まさかの時間」は『暗殺教室』の第30話であり、単行本第4巻に収録され、アニメ第11話としてアニメ化された。キャストは新たな転校生の堀部糸成とその保護者シロが率いている。

「苦戦の時間」は『暗殺教室』の第31話であり、単行本第4巻に収録され、アニメ第11話としてアニメ化された。キャスト陣では転校生の堀部糸成とその擁護者であるシロがアンサンブルの中心に置かれている。

「絆の時間」は『暗殺教室』の第32話であり、単行本第4巻を締めくくり、アニメ第11話に組み込まれている。キャスト陣では転校生の堀部糸成とその保護者シロが、広範な3年E組アンサンブルの中に留まっている。

『球技大会の時間』は『暗殺教室』の第33話であり、単行本第4巻に収録され、アニメ第12話の原作となった。本作ではライバル選手である進藤一考、橋本、田中が3年E組のアンサンブルに導入される。

「先攻の時間」は『暗殺教室』の第34話であり、単行本第4巻に収録され、アニメ第12話としてアニメ化された。3年E組や担任教師とともに、球技大会のストーリーラインに選手の寺井潔を登場させている。

「円陣の時間」は『暗殺教室』の第35話であり、単行本第5巻の冒頭を飾るエピソードで、アニメ第12話としてアニメ化された。豊富なキャスト陣には3年E組、教師陣、そして球技大会の決着に臨む対戦相手の選手たちが集結している。

「近いの時間」は『暗殺教室』の第36話であり、単行本第5巻に収録されている。全19ページの本作は、第35話「円陣の時間」と第37話「アートの時間」を繋ぐ話であり、TVアニメ第12話「球技大会の時間」の一部としてアニメ化された。2013年3月25日に掲載された。

「アートの時間」では、夏のヘナタトゥーブームが暗殺失敗と破天荒なお絵かきコンテストへと発展し、菅谷の才能、殺せんせーの負けず嫌いな性格、そして運の悪いイリーナが19ページにわたって激突する。

成果の上がらない3ヶ月間に苛立った政府は、暗殺計画の体制を見直す。烏間が生徒たちのナイフ捌きについて坦白な報告書を作成する中、笑顔の新任教師・鷹岡明がお菓子と隠された脅威を携えて到着する。

鷹岡が体育の教師として就任し明るい仮面を脱ぎ捨てると、過酷なスケジュールを課し、最初の反発に対して暴力で答える。隠されていた写真によって、烏間は新しくやってきた男がいかに危険であるかを知ることになる。

「指名の時間」は『暗殺教室』の第40話であり、単行本第5巻に収録されている。全19ページの本作は、鷹岡明による3年E組の過酷な訓練指導の模様を描き、鷹岡、烏間、殺せんせーを中心に物語が展開する。2013年4月22日に掲載され、TVアニメ第13話「才能の時間」にてアニメ化された。

『暗殺教室』第41話では、E組で最も背の低い男子である潮田渚が、自分を甘く見ている鷹岡との本物のナイフを使った決闘に挑む。渚は冷静さを装い、一瞬で勝利を収める。第5巻に収録された全19ページの本話は、2013年4月27日に掲載され、アニメ第13話『才能の時間』で映像化された。