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「プロローグ」は士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の冒頭を飾るエピソードであり、第2話「スーパー・スパータン」へと続く。その冒頭の強襲シーンは劇場版や『STAND ALONE COMPLEX』シリーズをはじめ、数々の派生作品でオマージュされる名シーンとなっている。

「スーパー・スパルタン」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第2話である。単行本のナンバリング順において、冒頭の「プロローグ」に続き、第3話「ジャンク・ジャングル」の前に位置する。

「リボルト・オブ・ザ・ロボッツ」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第4話である。単行本のナンバリング順において、第3話「ジャンク・ジャングル」の後、第5話「ザ・メイキング・オブ・サイボーグ」の前に位置する。

「ザ・メイキング・オブ・サイボーグ」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第5話である。単行本のナンバリング順において、第4話「リボルト・オブ・ザ・ロボッツ」の後、第6話「ロボット・ロンド」の前に位置する。

「ロボット・ロンド」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第6話である。単行本のナンバリング順において、第5話「ザ・メイキング・オブ・サイボーグ」の後、第7話「ファントム・ファンド」の前に位置する。

「ファントム・ファンド」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の連載第7話にあたる。第6話「ロボット・ロンド」と第8話「ダム・バーター」の間に位置し、作品を構成する一連の事件の物語を継続している。

「ジャンク・ジャングル」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第3話であり、「スーパー・スパルタン」と「リボルト・オブ・ザ・ロボッツ」の間に位置する序盤のエピソードである。

「ダム・バーター」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第8話であり、単行本後半の「ファントム・ファンド」と「バイバイ・クレイ」の間に配置されている。

「バイバイ・クレイ」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第9話であり、単行本後半の「ダム・バーター」と「ブレイン・ドレイン」の間に位置している。

「ブレイン・ドレイン」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第10話であり、単行本の終盤、「バイバイ・クレイ」と最終話「ゴースト・コースト」の間に位置している。

「ゴースト・コースト」は、士郎正宗による原作漫画『攻殻機動隊』の第11話であり最終話である。「ブレイン・ドレイン」に続く単行本の締めくくりのエピソードにあたる。