第四次忍界大战：倒计时

此段剧情跨越第484话至第515话，对应单行本第52卷至第55卷，改编为Naruto: Shippuden的第215集至第222集以及后来的第243集至第256集，中间插入了一段原创航海剧情。它的主题是第四次忍界大战的酝酿，各交战方都在备战。它承接五影会谈并导向“对峙”篇，描绘了联军针对一个囤积克隆士兵与秽土转生传奇的敌人所做的准备。

宇智波佐助的决斗因漩涡鸣人为春野樱挡下致命一击而中断，旧日的第七班短暂重聚，随后宇智波带土将宇智波佐助带走，让他接受宇智波鼬移植的双眼。大蛇丸的死讯传到木叶村，纲手从昏迷中苏醒，恰在此时长老们准备任命新的火影，村子则转而开始备战。漩涡鸣人被召唤到妙木山，收到了关于一座岛屿乐园和一名拥有强大瞳力的年轻人的预言，然后接受了自己的封印钥匙，相信自己已准备好驯服九尾。

领袖们决定将两名人柱力关在一座隐蔽的岛上，奇拉比最终同意教导漩涡鸣人。在真实瀑布，漩涡鸣人面对自己苦涩的阴暗面，听了基与八尾的痛苦往事后，接纳了那个黑暗自我并将其克服。随后他在自己的内心与释放的九尾搏斗，借助仙人模式和奇拉比的帮助，直到母亲漩涡玖辛奈的灵体出现，束缚住九尾并借出她的查克拉。漩涡鸣人收回了九尾的力量，得知了自己成为人柱力那晚的全部真相，然后满怀感激地与漩涡玖辛奈分别，并承诺要超越自己的父母。

漩涡鸣人新获得的感知能力暴露了藏在鲛肌中的干柿鬼鲛；迈特凯以昼虎将其击败后，干柿鬼鲛选择溺死自己而非交出情报，然而一个设有陷阱的卷轴还是将他收集的秘密传回了敌人那里。在雨隐村，小南用铺天盖地的起爆符伏击宇智波带土，以保护长门的遗体，但伊邪那岐让他活了下来，他在杀死小南后夺得了轮回眼。恢复并重新戴上面具的宇智波带土向药师兜展示了无意识的千手柱间克隆体和一支约十万白绝的大军，这些白绝是以被封印的尾兽的查克拉为代价培育出来的。

药师兜俘获大和，用木遁强化那支军队，并为了进一步扩充其规模，秽土转生了一众已故晓成员、前代人柱力、各代影以及著名忍者。当双方联军集结兵力，侦察兵确定了敌人的巢穴位于山岳墓场时，秽土大军开拔，战争一触即发。