卡卡西暗部篇：活在黑暗中的忍者

本篇涵盖第349集至第361集，是《火影忍者疾风传》的动画原创内容，插在第四次忍界大战的高潮中间。它回顾了卡卡西在暗部的服役经历，并通过他的故事也展现了宇智波鼬和大和的过去。事件跨越了大约十年，从水门就任火影开始，到宇智波一族覆灭的夜晚结束。

被自己参与导致琳之死的负罪感困扰，卡卡西被水门安排进入暗部，在那里他杀戮果断，直到被安排执行监视怀孕的玖辛奈的较温和任务，以使他稳定下来。水门和玖辛奈因封印九尾而死之后，团藏将卡卡西招募进根组织，在那里他首次遇到了一个能使用木遁的少年。心生好奇的卡卡西深入调查木叶村埋藏的人体实验，挫败了一起针对日斩的阴谋，并饶过了那个木遁少年，因为他察觉到了他对木叶村的价值。

当大蛇丸的罪行暴露后，日斩无法对自己昔日的学生下手，让他逃走了。团藏派遣那个少年，甲，去协助逃跑，从而将他和卡卡西都卷入了注定灭亡的伊布里一族，这个族群能化为烟雾，大蛇丸因其能力而将他们屠杀。甲和卡卡西救下了幸存者雪见，并逐渐互相信任。后来，被命令夺取卡卡西写轮眼的甲反而保护了他，并在加入日斩的暗部后使用了代号天藏。

多年后，年轻的鼬加入暗部，而团藏指派他监视自己的族人。随着紧张局势即将演变为政变，团藏偷走了止水的眼睛，致使止水自杀并觉醒了鼬的万花筒写轮眼。鼬最终歼灭了宇智波一族，只留下佐助，并得到了日斩保护他的承诺。

屠杀事件过后，卡卡西被解除暗部职务，并被告知他将指导一个下忍小队。因自己昔日队友的牺牲留下心理创伤，他多次将忽视团队合作的考生判为不合格，直到一个三人组引起了他的注意：他老师的遗孤，鼬的弟弟，以及一名敏锐的女忍。当他们领悟到同伴互助重于规矩时，卡卡西让他们合格，并正式成为第七班的队长，为他最黑暗的岁月画上了句号。