佩恩入侵木叶

这一第二部篇章在动画中名为《两位救世主》，围绕佩恩为了寻找漩涡鸣人对木叶村发动的袭击展开。在漫画中，它横跨四卷，从第413话到第453话，接在《兄弟宿命的对决》之后、《五影会谈》之前。动画版涵盖了火影忍者：疾风传的第152至169集以及第172至175集，中间插入了一组独立集数，前后分别为《六尾解放》和《过去篇》。

篇章以佐助小队以惨重代价制服八尾人柱力奇拉比并将其交给带土拉开序幕，但奇拉比暗中切割了一条章鱼腿逃过一劫。在木叶，佩恩将六个身体分散在村内，使守备力量无法锁定单一攻击者；他的搭档小南则逼问那些拒绝透露鸣人行踪的忍者。在得知鸣人正在妙木山修行后，天道发射出巨大的斥力冲击，将整个村落夷为平地。

带着深作仙人及巨型蛤蟆们反向通灵回到木叶，鸣人以仙术和完美的风遁·螺旋手里剑迎战，接连击溃了六个佩恩中的五个。当雏田挺身挡在鸣人与佩恩之间并被打倒时，悲痛驱使鸣人开始失控变化，查克拉膨胀至八尾，但他父亲波风水门的灵魂在其精神世界中修复了封印。挣脱九尾的束缚后，鸣人引诱最后的天道使出自毁式的引力脉冲，随即给出致命一击，然后沿着黑棒追踪到了长门本人。

鸣人没有选择杀死长门，而是倾听他的过往：在战争中成为孤儿，觉醒了轮回眼，好友弥彦死于半藏和团藏的计谋，致使他追求和平的梦想变质为以恐惧统治。鸣人朗读自来也的小说，发誓要以非复仇的方式打破这个仇恨连锁。长门被其话语打动，不惜耗尽生命使用外道·轮回天生之术复活了袭击中的全部死者，然后死去。小南带着长门和弥彦的遗体离开了晓。

被卡卡西背回废墟的鸣人，在村口受到欣喜若狂的村民迎接，连曾经视他为祸害的人此刻也尊他为英雄，实现了他期盼已久的认可。纲手因耗尽查克拉保护村民而陷入昏迷。

趁权力真空之机，团藏说服火之国大名任命自己为代理第六代火影，随即宣布佐助为叛忍并下令处决。另一边，带土拦截了佐助的小队，命令他们在即将到来的五影会谈上刺杀团藏，并决定从暗处走出，启动月之眼计划。