序章：波之国

在动画中被称为波之国护送任务，这是第一部的首个故事线，也是系列的真正起点。它涵盖漫画开篇的前四卷，第1话至第33话，以及《火影忍者》动画的第1集至第19集。该故事线奠定了第七班，并跟随着小队完成首次重大任务，随后进入中忍考试。

在九尾被封印进一个新生婴儿体内、导致第四代火影牺牲的十二年后，那个孩子，漩涡鸣人，是一名被村子排斥的吊车尾忍者学校学生。被叛忍水木欺骗去偷取封印之书，鸣人反而得知了体内九尾的真相，并掌握了多重影分身术，救下了老师伊鲁卡，最终获得了护额。之后他与宇智波佐助、春野樱一同编入旗木卡卡西的第七班，卡卡西直到他们明白抛弃同伴比违反任何规矩更加恶劣后，才让他们通过测试。

第七班接下了看似平常的护送造桥师傅达兹纳的任务，但这份工作远比想象中危险，引来了航运恶霸卡多雇用的杀手。在鬼兄弟的袭击下幸存后，他们遭遇了来自雾隐村的叛忍桃地再不斩，旗木卡卡西勉强将其制服，一名戴面具的人却将尸体带走。卡卡西怀疑再不斩仍然活着，于是让下忍们通过爬树训练来提升查克拉控制能力，同时鸣人激励了达兹纳绝望的孙子伊那里，让他重新相信英雄。

桃地再不斩在未完工的大桥上再度现身，与他的搭档白将宇智波佐助和漩涡鸣人困在冰晶魔镜之内。误以为佐助已死，鸣人首次动用了九尾的查克拉，压倒性地击败了白，却放过了他。当卡多背叛垂死的再不斩并侮辱白的遗体时，再不斩血路杀出，手刃卡多后，倒在了同伴身边，两人被合葬一处。

卡多一死，他那群失去首领的暴徒被伊那里和村民击退，村民们终于鼓起勇气保卫家园。大桥完工，并被命名为鸣人大桥，以纪念鸣人在镇上点燃的希望之火。第七班踏上归途，彼此间的羁绊得到锤炼，而故事也转向了中忍考试。