根

又称基金会，根最初是木叶暗部的一个训练分支。志村团藏创建并掌管它，利用它执行一切他认为对村子有利的行动。其核心理念被称为“根之意志”，将成员比作从地下深处支撑木叶大树的隐藏之手。这一信条为种种肮脏行径开脱，包括杀害那些仅仅因为说村子坏话就被视为潜在威胁的人，即便他们并未对村子犯下任何实际罪行。该组织最为看重隐秘，大部分行动都在暗处进行，不受木叶指挥链中任何环节的约束，且比普通暗部更严苛地保守秘密。宇智波一族灭族惨案后，根被正式解散，而这场惨祸正是团藏本人一手策划的，但该组织仍暗中活动，直至他死去。即便日斩下令关闭该组织，其成员仍效忠团藏，将他的命令置于火影之上。团藏死后，佐井建议幸存者投靠旗木卡卡西，他是下一任火影的继任者。

根用残酷手段塑造自己的特工。每名成员舌根处都被烙上咒印，一旦试图泄露任何有关团藏或组织的情报，咒印便会将全身冻结，确保被捕和审讯也无法撬开任何秘密。团藏一死，咒印便随之消失。为了磨灭他们的情感，团藏让成员自幼年起便以兄弟相称、一起成长，然后迫使他们自相残杀，这一做法几乎与雾隐村忍者学校的旧毕业试炼无异。成员以代号互称，其中许多人已记不清自己原本的名字。他们不配打刀，而是携带无尖的短刀；在暗部的斗篷和面具之下，制服仅有一件黑色短露腰夹克，肩部配有红色束带，除此之外各人穿着自选衣物。组织还倚仗缓慢而绵长的洗脑手段，曾逐步修改一组照片，使野乃·药师再也认不出兜，并对他出手。

该组织的任务清单漫长而黑暗。团藏命令信乐狸利用柱间的细胞制造牛头天王武器，派野乃潜入岩隐村，将兜安插进各大忍村进行间谍活动，随后又密谋让两名特工互相残杀。其他任务包括构陷岩隐村以破坏和平谈判、促成半藏结盟，以及命令佐井暗杀宇智波佐助，这项任务佐井最终放弃了。佩恩袭击木叶时，团藏按兵不动，不让根参与防御，赌这场灾祸能为他登上火影之位扫清道路。前往五影会谈时，他带上风与取根担任护卫，同时让其他特工跟踪红豆与兜；但阿飞掳走了护卫，佐助在这一切阴谋得逞前便斩杀了团藏。

志村团藏既创立也统率根，亲自挑选成员，偏好来自拥有稀有能力的家族的新兵，其中包括油女、山中与宇智波一族。佐井成长为最广为人知的成员，最终违抗团藏的命令，后来致力于让其余成员摆脱那段过去。动画中，大和是团藏亲手训练的唯一成员。野乃·药师因擅长情报收集而受器重，却因始终无法舍弃感情而被认为不合适，最终死在兜的手中。药师兜曾为根从事间谍活动，后随大蛇丸一同叛逃。风与取根是最强的两人，担任团藏的护卫，而信乐狸被流放后仍继续推进牛头天王计划，将怨念传给了女儿堇。第四次忍界大战结束后，纲手与卡卡西阻止了村民的背景调查，让筑骑木户和镰切等前成员悄然回归普通暗部。