Chapitre 1 : Les deux alchimistes

L'histoire débute sur un garçon qui perd son sang dans une cave, une jambe réduite à un moignon dévasté à la suite d'un rituel alchimique interdit qui a mal tourné. Il appelle son frère Alphonse en hurlant, mais aucune réponse ne vient. Des années plus tard, ce même garçon, voyageant désormais aux côtés d'une figure imposante enfermée dans une armure d'acier, atteint la ville frontière de Reole, où chaque radio diffuse le culte du dieu solaire Leto prêché par le saint homme local, le Père Cornello. Une altercation mineure oblige le duo à se révéler comme étant des alchimistes, et ils se présentent comme les célèbres frères Elric : celui en armure est le plus jeune, Alphonse, tandis que l'aîné, bien plus petit, est Edward, l'Alchimiste d'État appelé l'Alchimiste de Métal. Ils rencontrent Rose Thomas, une fidèle dévouée à qui l'on a promis que son fiancé décédé pourrait être ressuscité grâce au pouvoir de Leto, et la suspicion d'Edward à l'égard de telles affirmations l'incite à creuser davantage.

Dans l'église, Ed défie la foi de Rose avec un raisonnement scientifique destiné à réfuter l'existence des dieux et les résurrections, mais une démonstration publique du pouvoir de Cornello convainc les frères que quelque chose de véritablement contre-nature se cache derrière, quelque chose qu'ils traquent depuis longtemps. Ils demandent une audience, et le prêtre méfiant, craignant qu'ils n'aient été envoyés par l'Armée d'État pour sonder ses plans secrets, donne l'ordre de les tuer. Lorsque son subordonné, le Frère Cray, tente d'exécuter l'ordre, Ed et Al neutralisent rapidement les hommes, mais le combat fait sauter le casque d'Alphonse, révélant l'armure vide à l'intérieur. Expliquant à une Rose horrifiée que l'état d'Al découle d'une transgression du domaine de Dieu, les frères l'exhortent à faire face à la vérité sur son guide.

Confrontant Cornello dans son sanctuaire, les Elric l'accusent d'utiliser l'alchimie pour contrefaire des miracles et remarquent que ses transmutations impossiblement libres pointent vers l'amplificateur légendaire, la Pierre Philosophale. Cornello reconnaît à la fois la supercherie et sa possession de la Pierre, mais refuse de la céder. Rose, à nouveau influencée par la promesse renouvelée de ramener son bien-aimé à la vie, se tient à l'écart pendant que le prêtre lâche une chimère pour tuer les frères. Edward affronte la bête et stupéfie son adversaire en transmutant sans cercle, et lorsque cela ne suffit pas à terrasser le monstre, il révèle que son bras droit et sa jambe gauche sont tous deux des automails, jurant d'apprendre au médiocre Cornello la différence entre eux.

Les frères Elric sont présentés, ainsi que les conséquences du rituel raté qui a coûté sa jambe à Edward et son corps à Alphonse. À Reole, ils rencontrent Rose Thomas et démasquent le Père Cornello comme un imposteur dont les miracles fonctionnent grâce à une Pierre Philosophale, l'artefact même qu'ils recherchent. La confrontation révèle l'armure vide d'Alphonse et les membres automails d'Edward, et s'achève par l'attaque d'une chimère et l'alchimie sans cercle d'Ed.

Edward invoque vaguement le mythe d'Icare tout en décrivant l'arrogance humaine dans l'église, suggérant qu'Amestris connaît un folklore équivalent au folklore grec, ce qui sera confirmé plus tard par Xerxes. Le chapitre établit également qu'Edward a obtenu sa licence d'Alchimiste d'État à l'âge de douze ans.