जो सूर्य को चुनौती देते हैं

अपनी माँ को वापस लाने के विनाशकारी प्रयास वाली रात के चार साल बाद Edward और Alphonse Elric एक ऐसे पत्थर की अफवाहों का पीछा कर रहे हैं जो कीमिया को बढ़ाता है और उस अनुष्ठान में खोए उनके शरीरों को ठीक कर सकता है। एक संक्षिप्त फ्लैशबैक उस आपदा को दोहराता है: दोनों लड़के अपनी मृत माँ पर निषिद्ध मानव रूपांतरण का प्रयास करते हैं, प्रतिक्रिया Edward का पैर और Alphonse का पूरा शरीर छीन लेती है, और रक्तरंजित जीवित बचा लड़का भय से पीछे हट जाता है जब वह उस विकृत चीज़ को देखता है जो उनकी कीमिया ने उसकी जगह उत्पन्न की थी।

वर्तमान में भाई Reole पहुँचते हैं, जो Cornello नामक पादरी को लेकर चर्चा में डूबा एक रेगिस्तानी शहर है जो कथित तौर पर चमत्कार करता है। भोजन स्टॉल पर एक रहस्यमयी महिला, जिसे Edward आधा अधूरा याद करता प्रतीत होता है, उसे Fullmetal Alchemist कहकर पुकारती है, जिससे स्थानीय लोग कवचधारी Alphonse को ही State Alchemist समझ बैठते हैं और भाई Rose नामक एक युवती के संपर्क में आ जाते हैं। Rose को उसकी भक्ति के बदले उसके दिवंगत प्रेमी Cain के पुनरुत्थान का वादा किया गया है, लेकिन जब Edward और Alphonse Cornello के एक Miracle Gathering में बैठते हैं, तो वे तथाकथित चमत्कारों को साधारण कीमिया के रूप में पहचान लेते हैं जो इस विद्या के अपने नियमों का उल्लंघन करती है।

Fullmetal Alchemist में खतरा भाँपकर Cornello भाइयों को बाहर फेंकने का आदेश देता है और रहस्यमयी महिला से मंत्रणा करता है, उसे भरोसा दिलाता है कि उसके पास उनसे छुटकारा पाने का दूसरा उपाय है। चर्च में Edward Rose को इस धोखे को समझने के लिए जोर देता है, विज्ञान को उसकी आस्था के सामने रखता है, तभी Cornello के अनुयायियों में से एक Cray Alphonse पर गोली चलाता है और उसके कवच के खोखले भीतर को उजागर कर देता है। भयभीत Rose पादरी की ओर भागती है, और Edward समझ जाता है कि Cornello अपनी शक्ति Philosopher's Stone से प्राप्त करता है, बिना ट्रांसम्यूटेशन सर्कल के रूपांतरण करता है और समतुल्य विनिमय की उपेक्षा करता है। पादरी एक chimera को छोड़ देता है और फर्श को रेत में बदलकर Alphonse को बहा देता है और Edward को सर्कल बनाने से रोकता है, तभी Edward प्रकट करता है कि वह भी बिना सर्कल के रूपांतरण कर सकता है और एक भाला गढ़ लेता है। Cornello जवाब में अपने कंधे पर बैठी चिड़िया को फुलाकर एक दानवी हमलावर बना देता है। Edward की यांत्रिक दायीँ बाँह और बायाँ पैर उसे हमले से पार ले जाते हैं, वह तेजी से दोनों जीवों को गिरा देता है, और Cornello सही अनुमान लगाता है कि भाइयों ने कभी मानव रूपांतरण का प्रयास किया था, Edward को Fullmetal Alchemist के रूप में पहचान लेता है।

हालाँकि यह 2003 की श्रृंखला का आरंभ है, आंतरिक कालक्रम में इसकी घटनाएँ वास्तव में Episode 9 के बाद आती हैं, क्योंकि Episode 3 से 9 तक भाइयों की पृष्ठभूमि का विस्तार किया गया है। यह किस्त Chapter 1, Chapter 2 और Chapter 23 से सामग्री लेती है। रहस्यमयी महिला को देखकर Edward के मन में पहचान की जो झलक आती है, वह Episode 4 तक अस्पष्ट रहती है, जो भाइयों के फ्लैशबैक में सेट है, तब पता चलता है कि उसने उसे एक बार कब्रिस्तान में देखा था। Cornello द्वारा बुलाई गई विशाल चिड़िया, उसकी तोतों के प्रति सामान्य रुचि के साथ, इस रूपांतरण के लिए विशिष्ट है, मंगा और 2009 के एनीमे में केवल प्रतीक्षारत chimera ही Edward से लड़ता है। Porno Graffitti का Melissa इस एपिसोड के समापन पर बजता है और फिर अगले बारह एपिसोड के लिए ओपनिंग थीम बन जाता है, जबकि Nana Kitade का Kesenai Tsumi उस अवधि में एंडिंग गीत के रूप में रहता है।