अध्याय 1: दो कीमियागर

कहानी एक तहखाने में खून से लथपथ एक लड़के से शुरू होती है, जिसका एक पैर एक निषिद्ध कीमिया अनुष्ठान के विफल होने के बाद क्षत-विक्षत ठूंठ में बदल चुका है। वह अपने भाई Alphonse को पुकारता है, पर कोई उत्तर नहीं आता। वर्षों बाद वही लड़का, अब इस्पात के कवच में लिपटे एक विशालकाय आकृति के साथ यात्रा करते हुए, सीमांत कस्बे Reole पहुँचता है, जहाँ हर रेडियो स्थानीय धर्मगुरु Father Cornello द्वारा प्रचारित सूर्य देव Leto की आराधना प्रसारित कर रहा है। एक छोटी झड़प इस जोड़ी को स्वयं को कीमियागर के रूप में प्रकट करने पर मजबूर करती है, और वे स्वयं को प्रसिद्ध Elric भाइयों के रूप में घोषित करते हैं: कवचधारी छोटा भाई Alphonse है, जबकि कद में बहुत छोटा बड़ा भाई Edward है, जो Fullmetal Alchemist कहलाने वाला State Alchemist है। उनकी मुलाकात Rose Thomas से होती है, जो एक समर्पित अनुयायी है जिसे वादा किया गया था कि Leto की शक्ति से उसके मृत प्रेमी को पुनर्जीवित किया जा सकता है, और ऐसे दावों पर Edward का संदेह उसे गहराई से जाँच करने के लिए प्रेरित करता है।

चर्च में Ed वैज्ञानिक तर्कों से Rose की आस्था को चुनौती देता है जिसका उद्देश्य ईश्वरों और पुनरुत्थान को गलत साबित करना है, लेकिन Cornello की शक्ति का एक सार्वजनिक प्रदर्शन भाइयों को आश्वस्त कर देता है कि इसके पीछे वास्तव में कुछ अप्राकृतिक है, कुछ ऐसा जिसका वे लंबे समय से पीछा कर रहे हैं। वे भेंट का अनुरोध करते हैं, और सतर्क पुजारी, यह डरते हुए कि उन्हें उसकी गुप्त योजनाओं की जाँच के लिए State Military ने भेजा है, उन्हें मारने का आदेश देता है। जब उसका अधीनस्थ Brother Cray इसे अंजाम देने के लिए आगे बढ़ता है, तो Ed और Al तेजी से उन लोगों पर काबू पा लेते हैं, लेकिन लड़ाई में Alphonse का हेलमेट ढीला हो जाता है, जिससे भीतर का खाली कवच उजागर हो जाता है। भयभीत Rose को यह समझाते हुए कि Al की यह दशा ईश्वर के क्षेत्र में अतिक्रमण के कारण हुई है, भाई उसे अपने नेता के बारे में सच्चाई का सामना करने के लिए प्रेरित करते हैं।

अपने गर्भगृह में Cornello का सामना करते हुए, Elric परिवार उस पर चमत्कारों को जाली बनाने के लिए कीमिया का उपयोग करने का आरोप लगाता है, और ध्यान दिलाता है कि उसके असंभव रूप से स्वतंत्र रूपांतरण पौराणिक प्रवर्धक, Philosopher's Stone की ओर इशारा करते हैं। Cornello धोखाधड़ी और Stone पर अपने कब्जे दोनों को स्वीकार करता है, लेकिन इसे सौंपने से इनकार कर देता है। Rose, अपने प्रिय को पुनर्स्थापित करने के नए वादे से एक बार फिर प्रभावित होकर, एक तरफ खड़ी रहती है जब पुजारी भाइयों को मारने के लिए एक काइमेरा को छोड़ देता है। Edward उस प्राणी से भिड़ता है और बिना घेरा बनाए रूपांतरण करके अपने शत्रु को स्तब्ध कर देता है, और जब वह भी राक्षस को गिराने में विफल रहता है, तो वह प्रकट करता है कि उसका दायाँ हाथ और बायाँ पैर दोनों ऑटोमेल हैं, और तीसरे दर्जे के Cornello को उनके बीच का अंतर सिखाने की शपथ लेता है।

Elric भाइयों का परिचय दिया जाता है, साथ ही उस विफल अनुष्ठान के परिणाम का भी जिसने Edward का पैर और Alphonse का शरीर छीन लिया था। Reole में वे Rose Thomas से मिलते हैं और Father Cornello को एक धोखेबाज के रूप में उजागर करते हैं जिसके चमत्कार Philosopher's Stone पर चलते हैं, वही कलाकृति जिसकी वे तलाश कर रहे हैं। टकराव में Alphonse का खोखला कवच और Edward के ऑटोमेल अंग उजागर होते हैं, और अंत एक काइमेरा हमले तथा Ed की बिना घेरे वाली कीमिया के साथ होता है।

Edward चर्च में मानवीय अहंकार का वर्णन करते हुए अस्पष्ट रूप से Icarus की कथा का उल्लेख करता है, जिससे संकेत मिलता है कि Amestris यूनानी समकक्ष लोककथाओं को जानता है, जिसकी पुष्टि बाद में Xerxes द्वारा होती है। अध्याय यह भी स्थापित करता है कि Edward ने बारह वर्ष की आयु में अपना State Alchemist लाइसेंस प्राप्त किया था।