Bab 1: Dua Alkemis

Cerita dibuka dengan seorang anak laki-laki yang sekarat kehabisan darah di ruang bawah tanah, satu kakinya hancur menjadi tunggul yang rusak akibat ritual alkimia terlarang yang gagal. Ia berteriak memanggil adiknya Alphonse, tetapi tidak ada jawaban. Bertahun-tahun kemudian anak yang sama, kini bepergian di samping sosok menjulang yang terbungkus baju zirah baja, tiba di kota perbatasan Reole, tempat setiap radio menyiarkan pemujaan terhadap dewa matahari Leto seperti yang dikhotbahkan oleh tokoh suci setempat, Father Cornello. Sebuah perkelahian kecil memaksa keduanya mengungkapkan diri sebagai alkemis, dan mereka memperkenalkan diri sebagai kakak-beradik Elric yang terkenal: sosok berbaju zirah adalah Alphonse yang lebih muda, sementara kakak yang jauh lebih kecil adalah Edward, Alkemis Negara yang dijuluki Fullmetal Alchemist. Mereka bertemu Rose Thomas, pengikut setia yang dijanjikan kekasihnya yang telah meninggal dapat dihidupkan kembali melalui kekuatan Leto, dan kecurigaan Edward terhadap klaim tersebut mendorongnya untuk menyelidiki lebih dalam.

Di gereja, Ed menantang keyakinan Rose dengan penalaran ilmiah yang dimaksudkan untuk membantah keberadaan dewa dan kebangkitan orang mati, tetapi demonstrasi publik kekuatan Cornello meyakinkan kedua bersaudara itu bahwa ada sesuatu yang tidak wajar di baliknya, sesuatu yang telah lama mereka kejar. Mereka meminta audiensi, dan pendeta yang waspada itu, karena takut mereka dikirim oleh Militer Negara untuk menyelidiki rencana rahasianya, memerintahkan agar mereka dibunuh. Ketika bawahannya Brother Cray bergerak untuk melaksanakannya, Ed dan Al dengan cepat melumpuhkan para anak buah itu, tetapi pertarungan tersebut membuat helm Alphonse terlepas, memperlihatkan baju zirah kosong di dalamnya. Sambil menjelaskan kepada Rose yang ngeri bahwa kondisi Al disebabkan oleh pelanggaran terhadap wilayah Tuhan, kedua bersaudara itu mendesaknya untuk menghadapi kebenaran tentang pemimpinnya.

Saat menghadapi Cornello di ruang sucinya, keluarga Elric menuduhnya menggunakan alkimia untuk memalsukan mukjizat, dan mencatat bahwa transmutasi yang dilakukannya dengan bebas tanpa batas itu mengarah pada penguat legendaris, Batu Bertuah. Cornello mengakui baik penipuan maupun kepemilikannya atas Batu tersebut, tetapi menolak untuk menyerahkannya. Rose, yang kembali terpengaruh oleh janji baru untuk menghidupkan kembali kekasihnya, menepi saat pendeta itu melepaskan chimera untuk membunuh kedua bersaudara tersebut. Edward menghadapi makhluk itu dan mengejutkan lawannya dengan bertransmutasi tanpa lingkaran, dan ketika itu pun gagal merobohkan monster tersebut, ia mengungkapkan bahwa lengan kanannya dan kaki kirinya keduanya adalah automail, bersumpah untuk mengajarkan perbedaan itu kepada Cornello yang hanya alkemis kelas tiga.

Kakak-beradik Elric diperkenalkan, bersama dengan akibat dari ritual gagal yang merenggut kaki Edward dan tubuh Alphonse. Di Reole mereka bertemu Rose Thomas dan membongkar Father Cornello sebagai penipu yang mukjizatnya digerakkan oleh Batu Bertuah, artefak yang justru mereka cari. Konfrontasi tersebut mengungkap baju zirah kosong Alphonse dan anggota tubuh automail Edward, dan berakhir dengan serangan chimera serta alkimia tanpa lingkaran milik Ed.

Edward secara longgar menyinggung mitos Icarus saat menggambarkan keangkuhan manusia di gereja, mengisyaratkan bahwa Amestris mengenal legenda yang setara dengan Yunani, yang kemudian dikonfirmasi oleh Xerxes. Bab ini juga menetapkan bahwa Edward memperoleh lisensi Alkemis Negara pada usia dua belas tahun.