Perang Dunia Shinobi Keempat: Klimaks

Membentang dari bab 560 hingga 639 yang mencakup volume 59 hingga 67, dan diadaptasi menjadi episode 322 hingga 348 serta 362 hingga 375 dari Naruto: Shippuden, bagian konflik ini mengikuti beberapa front sekaligus. Pasukan Aliansi Shinobi melanjutkan pertempuran mereka melawan Kabuto Yakushi, Tobi, dan Madara Uchiha yang dibangkitkan kembali sementara perang dunia terus berlanjut. Bagian ini hadir setelah alur Konfrontasi dan mengarah ke Kelahiran Jinchuriki Ekor-Sepuluh, meskipun anime menyisipkan cerita sampingan yang berdiri sendiri dan kilas balik masa lalu Kakashi bertopeng di antara keduanya.

Baru saja dibangkitkan kembali dan ditingkatkan oleh Kabuto, Madara menghancurkan Divisi Keempat, menepis serangan gabungan sebelum menarik dua meteor dari langit. Kelima Kage berkumpul menghadapinya melalui teknik transportasi putus asa, dengan Tsunade mengungkap regenerasi kekuatan seratus untuk beradu pukulan dengan sang legenda. Di tempat lain Naruto dan Killer B bertarung melawan para jinchuriki yang dikendalikan Tobi, dan Naruto berusaha membebaskan setiap bijuu yang tertawan satu per satu, meminta maaf kepada Son Goku dan merangkul yang lain ke dalam persahabatan. Ketika Kurama akhirnya menawarkan kekuatannya dengan sukarela, Naruto membuka segel, memasuki transformasi penuh, dan menyapa setiap bijuu dengan namanya, akhirnya menolak memperlakukan rubah itu sebagai sekadar senjata.

Di front ketiga, Sasuke yang mengembara berpapasan dengan kakaknya yang dibangkitkan kembali, dan keduanya dengan enggan bersekutu melawan Kabuto, yang telah mengklaim warisan Orochimaru dan mencapai wujud pertapa naga dari Gua Ryuchi. Kabuto menyerang mereka dengan eksperimen yang telah ia kumpulkan dan konstruksi Sound Four, tetapi Itachi melancarkan Izanami yang mengubah takdir, menjebak lawannya dalam lingkaran tanpa akhir sampai ia menerima jati dirinya yang sebenarnya. Kisah masa kecil Kabuto sebagai yatim piatu, manipulasinya oleh Root, dan penyelamatannya oleh Orochimaru muncul di tengah pertarungan. Setelah bebas bertindak, Itachi memperoleh segel penyegelan dan membatalkan Edo Tensei, melepaskan setiap jiwa yang dipanggil di seluruh perang sebelum mengucapkan perpisahan penuh kasih kepada Sasuke.

Dengan barisan yang dibangkitkan kembali memudar, Naruto, Kakashi, dan Guy mengepung Tobi, dan klon Naruto menyergapnya di dalam dimensi warp bersama untuk menghancurkan topengnya. Wajah di baliknya adalah Obito Uchiha, rekan Kakashi yang diduga telah gugur dalam Perang Dunia Shinobi Ketiga. Kilas balik mengungkap bagaimana Madara yang telah menua menyelamatkan dan membangun kembali tubuh Obito, bagaimana menyaksikan kematian Rin menghancurkannya, dan bagaimana ia merangkul rencana untuk membentuk kembali realitas. Madara muncul kembali di medan perang, dan setelah serangan gabungan mereka, Patung Iblis berkembang menjadi Ekor-Sepuluh yang bangkit kembali.

Mencari sumber penangkal Itachi, Orochimaru membangkitkan para Hokage terdahulu di dalam Konoha agar Sasuke dapat menginterogasi mereka; kisah Hashirama tentang ikatannya dengan Madara dan hakikat sejati seorang shinobi meyakinkan Uchiha muda itu untuk bertarung demi desa yang dibela kakaknya hingga mati. Saat Ekor-Sepuluh meluluhlantakkan medan perang dengan bencana alam dan menewaskan Neji, Hinata menyemangati Naruto, yang membagikan chakra Kurama kepada seluruh aliansi. Tim 7 bersatu kembali, para Hokage yang dibangkitkan tiba untuk menyegel monster itu, dan hewan kuchiyose para kage yang dipanggil bergabung dalam serangan, bahkan ketika Madara memaksa Obito menjadi jinchuriki Ekor-Sepuluh dan menyiapkan panggung bagi fase terakhir perang.