Perang Dunia Shinobi Keempat: Konfrontasi

Mencakup bab 516 hingga 559 pada volume 55 hingga 59, fase ini diadaptasi menjadi rangkaian panjang episode Naruto: Shippuden, mulai dari 261 dan seterusnya dengan beberapa cerita berdiri sendiri yang disisipkan di antaranya. Fokusnya adalah perjuangan medan perang melawan pasukan yang dibangkitkan kembali milik Kabuto Yakushi saat Perang Dunia Shinobi Keempat dimulai. Alur cerita ini masuk dari Hitung Mundur dan beralih ke Klimaks, menelusuri bagaimana lima negara sekutu menghadapi musuh yang tidak bisa begitu saja dibunuh.

Pertempuran pembuka memperlihatkan Divisi Serangan Kejutan melawan rekan-rekan yang dikendalikan seperti boneka oleh Sasori yang dibangkitkan kembali dan dijejali bahan peledak Deidara, sampai tim Kankuro mengetahui bahwa membebaskan jiwa yang bereinkarnasi memutuskan ikatannya. Di front lain ketujuh Pendekar Pedang Ninja terdahulu kembali bersama Zabuza dan Haku, dan Divisi Ketiga Kakashi merancang cara untuk menjebak dan menyegel mereka meskipun pembunuhan tanpa pikiran yang terpaksa mereka lakukan. Di pantai, Darui mengakali Saudara Emas dan Perak yang khianat beserta relik Petapa mereka, menyegel mereka satu per satu, sementara Tim Asuma menguatkan diri untuk menumbangkan mentor mereka sendiri yang dibangkitkan kembali dan Mifune akhirnya menyelesaikan rivalitas lamanya dengan Hanzo.

Kembali di Pulau Kura-Kura, Naruto merasakan chakra rubah yang lepas dalam perang dan memaksa melewati para penjaganya setelah Iruka mengakui kebenaran, dengan Killer B mengikuti untuk melindunginya. Raikage dan Tsunade bergerak menghalangi kedua jinchuriki dari garis depan, tetapi B mengalahkan saudaranya dan Naruto membuktikan ia dapat menghindari serangan tercepat Raikage, sehingga mendapatkan izin lewat. Menyebarkan klon bayangan untuk mengungkap penyusup Zetsu Putih yang menyusup ke barisan, Naruto dan B kemudian bertemu Nagato dan Itachi yang dikendalikan. Seekor gagak tersembunyi memicu Kotoamatsukami untuk membebaskan Itachi, yang mengarahkan Amaterasu ke Nagato dan, dengan bantuan kedua jinchuriki, menyegelnya dengan pedang Totsuka sebelum pergi untuk mengakhiri reinkarnasi pada sumbernya.

Jauh di Negeri Petir, Tsuchikage Kedua Mu memanggil tiga pemimpin yang telah gugur lagi untuk mengalahkan Divisi Keempat. Gaara menghadapi ayahnya sendiri dan, setelah mengetahui kebenaran tentang cinta ibunya, menyegelnya sebelum mengalihkan perhatian ke tempat lain. Naruto membantu menjatuhkan Mu dengan serangan planet, dan dengan mempelajari bagaimana Ekor Delapan pernah melukai Raikage Ketiga, ia memancing musuh yang tangguh itu untuk menusuk dirinya sendiri. Gaara seorang diri bertahan lebih lama dari klon peledak Mizukage Kedua dengan menyatukan debu emas ke tubuhnya, menuntaskan penyegelan para Kage yang dibangkitkan kembali.

Di Pemakaman Gunung, Sasuke pulih dari operasi dan membakar pengawas Zetsu Putihnya, mengungkap Eternal Mangekyo Sharingan yang baru bangkit. Di medan perang, Mu yang setengah tersegel memaksakan usaha terakhirnya dan memanggil senjata pamungkas Kabuto: sebuah peti mati yang tutupnya meledak terbuka karena tekanan besar untuk mengungkap Madara Uchiha yang asli dari era ketika ia masih hidup, menyiapkan panggung bagi bagian perang yang paling mematikan.