Arc Anbu Kakashi: Shinobi yang Hidup dalam Kegelapan

Mencakup episode 349 hingga 361, arc ini adalah produksi khusus anime dari Naruto: Shippūden yang disisipkan di tengah klimaks Perang Dunia Shinobi Keempat. Arc ini menengok kembali pengabdian Kakashi di Anbu Black Ops, menggunakan kisahnya untuk juga menerangi masa lalu Yamato dan Itachi Uchiha. Peristiwa-peristiwa terbentang selama kurang lebih satu dekade, dari pengangkatan Minato sebagai Hokage hingga malam kejatuhan klan Uchiha.

Dihantui perannya dalam kematian Rin, Kakashi ditempatkan di Anbu oleh Minato, di mana ia membunuh tanpa ragu hingga tugas pengawasan yang lebih lembut terhadap Kushina yang sedang hamil diatur untuk menenangkannya. Setelah Minato dan Kushina gugur saat menahan Ekor Sembilan, Danzō merekrut Kakashi ke dalam Root, di mana ia pertama kali bertemu seorang bocah yang menguasai Wood Release. Tertarik, Kakashi menggali eksperimen-eksperimen terpendam desa, menggagalkan komplotan terhadap Hiruzen, dan membiarkan hidup bocah Wood Release tersebut, merasakan nilainya bagi Konoha.

Ketika kejahatan Orochimaru terungkap, Hiruzen tidak tega membunuh muridnya dan membiarkannya melarikan diri. Danzō mengirim bocah itu, Kinoe, untuk membantu pelarian tersebut, menyeret baik dirinya maupun Kakashi ke dalam klan Iburi yang malang, sebuah kaum yang mampu berubah menjadi asap yang dibantai Orochimaru demi kemampuan mereka. Kinoe dan Kakashi menyelamatkan penyintas Yukimi dan mulai saling percaya, dan kemudian, ketika diperintahkan untuk mencuri Sharingan Kakashi, Kinoe justru melindunginya dan mengambil nama sandi Tenzō setelah bergabung dengan Anbu Hiruzen.

Bertahun-tahun kemudian, Itachi muda masuk ke Anbu sementara Danzō menugaskannya untuk mengawasi klannya sendiri. Saat ketegangan memuncak menuju kudeta, Danzō mencuri mata Shisui, mendorong Shisui untuk bunuh diri dan membangkitkan Mangekyō Sharingan Itachi. Itachi akhirnya memusnahkan Uchiha, hanya menyisakan Sasuke dan mengamankan janji Hiruzen untuk melindunginya.

Dengan pembantaian di belakangnya, Kakashi diberhentikan dari Anbu dan diberi tahu bahwa ia akan membimbing sebuah regu genin. Terluka oleh kehilangan timnya sendiri, ia berulang kali menggagalkan kandidat yang mengabaikan kerja sama tim, hingga satu trio menarik perhatiannya: putra yatim senseinya, adik laki-laki Itachi, dan seorang kunoichi yang cerdas. Ketika mereka memahami bahwa membantu rekan lebih penting daripada aturan, Kakashi meluluskan mereka dan secara resmi menjadi pemimpin Tim 7, menutup lingkaran tahun-tahun tergelapnya.