Arc Hilangnya Mitsuki

Mencakup episode 71 hingga 92, arc ini mengikuti Chocho Arc dan berlanjut ke Parent and Child Day Arc. Benang merahnya adalah kepergian Mitsuki dari Leaf Village dan pengejaran yang dilakukan rekan-rekan setimnya untuk membawanya kembali, yang dijalin di sekitar Five Kage Summit dan serangan mendadak terhadap Konoha.

Mitsuki terbangun dari mimpi pertamanya, terkejut bahwa ia bisa bermimpi, dan membagikan pengalaman aneh itu kepada teman-temannya di Lightning Burger, mengakui bahwa ia tidak pernah sekalipun merasakan dorongan untuk memberontak terhadap orang tuanya. Ketika Shikadai muncul dengan seekor anak ayam yang menganggapnya sebagai induk setelah menetas, Mitsuki menyamakan ikatan itu dengan pilihannya sendiri untuk melekatkan diri pada Boruto daripada pada saudara atau ayahnya. Dengan Team 7 ditugaskan untuk menjaga Five Kage Summit, yang agendanya menyangkut klan Otsutsuki, para Kage yang menjabat membawa Kakashi, Mei, dan A, sementara ketidakhadiran Onoki membuat shinobi Konoha mencari Tsuchikage yang berkeliaran di desa. Boruto, yang bersemangat menjawab teka-teki Naruto tentang batu terkeras di dunia, melacak Onoki, dan Kage tua itu setuju untuk menjawab jika para genin mengajaknya berkeliling.

Saat berkeliling, Onoki menggunakan Dust Release untuk melindungi seorang penduduk desa dari balok yang jatuh dan ambruk karena kelelahan. Saat terbangun, ia mengira Boruto adalah Kozuchi, seorang cucu yang hilang di masa muda, lalu mengungkapkan bahwa batu terkeras dari semuanya adalah tekad shinobi yang tak tergoyahkan. Ia mendesak Mitsuki tentang tekadnya sendiri, tetapi anak itu tidak dapat menjawab. Segera setelah itu, Mitsuki mendapati apartemennya telah dimasuki orang dan sebuah surat tertinggal di tempat tidurnya, yang kemudian ia bakar. Pada fajar keesokan harinya penjaga gerbang Uo dan Sao diserang, dan Mitsuki sendiri merobohkan Uo dengan Lightning Release. Saat Police Force menyelidiki tempat kejadian, Sai menemukan pelindung dahi yang dibuang di antara pepohonan.

Konohamaru mengidentifikasi ikat kepala yang ditemukan sebagai milik Mitsuki, dan setelah Ino membaca pikiran para penjaga yang koma, terungkap bahwa Mitsuki merobohkan para penjaga bersama dua shinobi dari Iwa. Naruto memerintahkan desa disegel sampai Mitsuki dikembalikan, tetapi Boruto dan Sarada bertekad untuk menjemput teman mereka sendiri. Ketika Naruto menghubungi Kurotsuchi, ia menegaskan bahwa ia tidak mengirim shinobi mana pun dan berjanji bahwa siapa pun dari ketiganya yang ditemukan di Iwagakure akan dipulangkan ke Konoha, membuat para ninja muda itu harus mengejar jejak Mitsuki sendiri.