Root

Juga dikenal sebagai Foundation, Root bermula sebagai cabang pelatihan dari Anbu Konohagakure. Danzō Shimura menciptakannya dan menjalankannya, menggunakannya untuk melaksanakan setiap operasi yang ia anggap baik bagi desa. Doktrin intinya, yang dijuluki Tekad Root, menggambarkan para agennya sebagai tangan tersembunyi yang menopang pohon besar Konoha dari jauh di bawah tanah. Kredо tersebut menjadi pembenaran bagi berbagai perbuatan keji, di antaranya pembunuhan terhadap orang-orang yang ditandai sebagai ancaman potensial hanya karena berbicara buruk tentang desa, bahkan ketika mereka tidak melakukan pelanggaran nyata terhadap desa tersebut. Di atas segalanya kelompok ini menjunjung tinggi kerahasiaan, dan sebagian besar pekerjaannya berlangsung dalam bayangan, tidak terikat pada rantai komando Konoha mana pun dan menjaga rahasianya bahkan lebih ketat daripada Anbu biasa. Root secara resmi dibubarkan setelah Kejatuhan Klan Uchiha, sebuah bencana yang didalangi sendiri oleh Danzō, meskipun organisasi itu terus berjalan secara rahasia sampai ia meninggal. Bahkan setelah Hiruzen memerintahkan pembubarannya, para anggotanya tetap setia kepada Danzō, menempatkan perintahnya di atas perintah Hokage. Setelah Danzō tiada, Sai menyarankan para penyintas untuk beralih kepada Kakashi Hatake, yang berada di urutan berikutnya untuk jabatan Hokage.

Root menempa para operatifnya melalui metode yang kejam. Segel terkutuk dicapkan di bagian bawah lidah setiap anggota, dan seketika seseorang mencoba membocorkan apa pun mengenai Danzō atau kelompok tersebut, segel itu membuat seluruh tubuh menjadi kaku, memastikan bahwa penangkapan dan interogasi tidak dapat menggali rahasia apa pun. Tanda itu memudar pada saat Danzō meninggal. Untuk menghilangkan emosi dari diri mereka, Danzō membesarkan rekrutannya berdampingan sebagai saudara sejak kecil dan kemudian membuat mereka saling membunuh, sebuah regimen yang hampir tidak dapat dibedakan dari ujian kelulusan lama di Akademi Kirigakure. Para anggota menjawab dengan nama sandi, dan banyak dari mereka tidak lagi mengingat nama lahir mereka. Alih-alih katana mereka membawa tantō tanpa ujung, dan di balik jubah serta topeng Anbu yang biasa, yang tidak memiliki seragam selain jaket pendek hitam sebatas pinggang yang dilengkapi tali merah di bahu, masing-masing mengenakan pakaian mereka sendiri. Kelompok ini juga mengandalkan pencucian otak yang bertahap dan berkepanjangan, pernah secara perlahan mengubah rangkaian foto sehingga Nonō Yakushi tidak lagi mengenali Kabuto dan akan bergerak melawannya.

Daftar misi organisasi ini panjang dan suram. Danzō menugaskan Tanuki Shigaraki untuk membuat senjata Gozu Tennō dari sel yang diambil dari Hashirama, mengirim Nonō ke Iwagakure, dan menyusupkan Kabuto ke desa-desa besar untuk memata-matai sebelum merencanakan agar kedua agen itu saling membunuh. Tugas lain termasuk menjebak Iwagakure untuk menggagalkan perundingan damai, mengarahkan Hanzō ke dalam aliansi, dan memerintahkan Sai untuk membunuh Sasuke Uchiha, sebuah penugasan yang pada akhirnya ditinggalkan Sai. Ketika Pain menghancurkan desa, Danzō menahan Root untuk tidak ikut bertahan, bertaruh bahwa bencana itu akan membuka jalannya menuju jabatan Hokage. Saat berangkat menuju KTT Kage, ia membawa Fū dan Torune sebagai pengawal sementara agen lain membayangi Anko dan Kabuto, tetapi Tobi melenyapkan para pengawal itu dan Sasuke menikam Danzō sebelum rencana-rencana tersebut sempat membuahkan hasil.

Danzō Shimura mendirikan sekaligus memimpin Root, memilih sendiri para anggotanya dan cenderung merekrut dari klan dengan kemampuan langka, di antaranya Aburame, Yamanaka, dan Uchiha. Sai tumbuh menjadi wajah yang paling dikenal, pada akhirnya menentang perintah Danzō dan kemudian berupaya membebaskan anggota yang tersisa dari warisan tersebut. Dalam anime, Yamato adalah satu-satunya anggota yang dilatih langsung oleh Danzō. Nonō Yakushi, yang dihargai karena keterampilannya dalam mengumpulkan intelijen, dianggap tidak layak karena ia tidak pernah bisa melepaskan perasaannya, dan ia menemui ajalnya di tangan Kabuto. Kabuto Yakushi memata-matai atas nama Root sebelum membelot bersama Orochimaru. Fū dan Torune berdiri sebagai pasangan teratas dan bertugas sebagai pengawal Danzō, sementara Tanuki Shigaraki melanjutkan proyek Gozu Tennō setelah pengasingannya, mewariskan dendamnya kepada putrinya Sumire. Setelah Perang Dunia Shinobi Keempat berakhir, Tsunade bersama Kakashi menahan pemeriksaan latar belakang penduduk desa, membiarkan mantan agen seperti Kido Tsumiki dan Magire kembali dengan tenang ke Anbu reguler.