特別作戦班

エレンは調査兵団の護衛のもと、兵団の旧本部である古城へと向かう。道中、オルオ・ボザドが凄んでみせようとするが誤って自分の舌を噛んでしまい、ペトラ・ラルからお説教を受ける。彼を護衛する兵士たちはリヴァイが精選した特別作戦班であり、エレンの力が暴走した際には彼を抹殺するという重い使命を帯びていた。到着早々、リヴァイが下した最初の命令は巨人と一切関係のないものだった。城全体を隅々まで掃除させられ、エレンは夜間の巨人化を抑え込めるよう地下室で寝ることを知らされる。後にペトラは、リヴァイが地下街の元大悪党であり、エルヴィン・スミス自らが兵団へとスカウトしたという彼の経歴をエレンに教える。

その夜、班員たちは迫り来る壁外調査について話し合う。巨人化が実際どのように機能するのか尋ねられると、エレンは自らの手を噛む行為を説明しようとして凍りつく。その知識がそもそもどこから来たものなのか自分でも分からないからだ。そこへ実験への協力を求めにハンジが現れ、他の班員たちは長時間の講義に巻き込まれる前に部屋から逃げ出す。運悪く逃げ遅れたエレンに対し、ハンジはトロスト区で生け捕りにされた2頭の巨人「ソニー」と「ビーン」に対して行われた研究を語る。意志疎通の失敗、個体ごとに異なる反応を示した日光遮断実験、そして被験体以上にハンジ自身を痛ましめた痛覚テストなどである。ビーンは目を潰されてわずかに身震いしたが、ソニーは心臓を槍で貫かれても無視し、逆に研究者を食い殺そうとした。

ハンジは困惑するエレンにその真意を説明する。かつて切断された10メートル級の巨人の頭部を蹴った際、それが信じられないほど軽量であることが判明し、巨人の身体構造が人間の視覚的認識と矛盾していることが分かったのだ。巨人の真の姿は表面の下に隠されていると確信したハンジは、憎しみではなく探求心を選ぶ。会話は夜明けまで続き、兵士が飛び込んできて被験体の2頭が殺害されたという知らせをもたらす。屋外では湯気を立てる残骸の周りに兵団が集まり、ハンジが涙を流している。エルヴィンがエレンの隣に現れ、何が見えるか、そして本当の敵は誰だと思うかと静かに問いかける。エレンは答えることができず、エルヴィンはおかしな質問をしたと謝罪して去っていく。

エレンは調査兵団の旧本部にて特別作戦班の監視下に置かれ、暴走防止の予防措置として地下室で寝起きすることになる。

ペトラは、リヴァイがエルヴィン・スミスによって兵団に引き入れられた地下街のゴロツキ出身であることを明かす。

エレンは、自分が巨人化を引き起こす方法をなぜ知っているのか説明できないことに気づく。

ハンジは捕獲された巨人「ソニー」と「ビーン」に対する実験内容を細かく説明し、巨人の体が体積から予想されるより遥かに軽いという発見を語る。

正体不明の者によって2頭の捕獲巨人が夜間に殺害され、エルヴィンのエレンに対する不可解な問いかけは、本当の敵が人間である可能性を暗示する。

特別作戦班（Tokubetsu Sakusen Han）は単行本第5巻の第2話にあたり、通算第20話として日本で2011年4月9日、英語版が2013年6月4日に発売された。女型の巨人編における展開の幕開けとなり、アニメでは第15話の特別作戦班（反撃前夜②）としてアニメ化された。

ソニーとビーンの殺害は、軍内部の内通者の存在を示す物語最初の明確な兆候であり、壁外調査とエルヴィンの隠された目的を駆動する伏線となる。本話はまだ目を見れないと開門の間に位置する。