リリス

リリスはエヴァンゲリオンほどの大きさを誇る巨大人型の上半身の姿をしており、蒼白でブヨブヨとした肉体を持ち、明確な性別はない。2015年時点では腰や脚部が完全に欠損しており、胴体の末端は無定形の質量の塊となってそこから何十対もの人間サイズの脚が生えている。ターミナルドグマに配置された巨大な赤い十字架に両掌を釘で刺されて磔にされており、胸部にはロンギヌスの槍が突き刺さっている。第22話で零号機によって槍が抜かれると、失われていた下半身が再成長し、太ももから多数の小さな脚の群れを生やした状態に戻る。

最も特徴的なのは顔面に固定された紫色の仮面で、右に3つ、左に4つの不揃いな2列に並んだ7つの目の穴が開き、下向きの三角形が刻まれている。仮面が天然の骨板なのか人工的な拘束具なのかは明確にされていないが、ゼーレはこの仮面顔を組織のシンボルマークとして使用している。リリスの血そのものであるLCLが十字架を伝って絶えず流れ落ち、下の階層にある人工の湖に溜まっている。エントリープラグ内に満たされる液体はすべてここから供給されている。

意志と呼べるようなものは一切表に現れない。リリスは十字架に力なく吊るされたまま動かず、完全に無反応であり、自らを利用する研究者たちにも、上空の都市を揺るがす戦闘にも反応を示さない。生命の種が保持する意識がどのようなものであれ、それはサードインパクトにおいてレイと融合した存在が明白な意図を持って行動を起こすまで隠されたままとなる。

数十億年前、第一始祖民族は宇宙各地に生命の種を撒いた。リリスを運ぶ「黒き月」は、ファーストインパクトとして知られる衝突事故により偶然地球に激突し、月を削り出し、本来伴うはずだった槍を破壊した。地球にはすでにアダムと呼ばれる種が存在しており、1つの惑星に2つの種が共存することは意図されていなかった。リリスの槍が失われたため、唯一残されたアダムの槍が起動し、アダムを休眠状態に強制移行させることで競合を解決した。リリスは地球に原始のスープを満たして通常の地球生命を発生させることが可能となり、その系譜は人類（リリン）へと至り、アダムの仔である使徒に取って代わって地球の支配的種族となった。

長年のプレートテクトニクス移動により、埋もれた黒き月は将来の箱根の地下に運ばれ、その空洞の内部が後にジオフロントと呼ばれる広大な大空間となった。ゼーレはこれを発見し、ゲヒィルン本部、次いでNERV本部および第3新東京市をその直上に建設した。そして捕らえた使徒をインフラストラクチャー（再生可能なLCL供給源、実験体、人類補完計画のトリガー）として利用し、回収されたアダムの槍を突き刺すことでその成長を故意に停止させた。1機を除いてすべてのエヴァンゲリオンはアダムからクローン作成されたが、初号機のみがリリス由来であり、第23話の描写は初号機がリリスの下半身から物理的に引きちぎられたことを示唆している。これは脚部が目立って欠損していた理由を説明している。

THE END OF EVANGELIONでは、ゲンドウが手に移植したアダムの受精卵を綾波レイ（3人目）に押し込み、リリスを統御してユイのもとへ辿り着こうとする。しかしレイはゲンドウを拒絶し、アダムの肉体と魂を携えてターミナルドグマへ向かい、リリスと融合する。レイが体内に入ると脚の群れは消失する。レイの顔を持つ巨大な存在となったリリスは、サードインパクトと人類補完計画を開始する。シンジは最終的に融合した存在となることを拒絶し、初号機が巨人の目から飛び出してロンギヌスの槍を折り、巨大な肉体は崩壊して地球へ落下し、生命反応を失う。漫画版でも同様の展開を辿るが、シンジが選択を行った後、リリスは単に姿を消す。