インビンシブル: アトム・イヴ

本スペシャルは、オムニマンの決定的な活躍に支えられたガーディアンズがリザード・リーグの襲撃を退ける場面から始まる。混乱のなか、ポリーという名の身重のボランティア女性が陣痛を迎えるが、陣痛の波とともに彼女の身体から生の原子エネルギーが湧き出す。エリアス・ブランディワースが彼女を病院へ急送するものの、最後に放たれた破壊的なパルスによって彼女は命を落とし、緊急帝王切開によってのみ赤ん坊の命が救われる。スティーヴン・エリクソンの部隊が赤ん坊を連れ去ろうと押し寄せるが、一人の看護師が密かにその子を悲しみに暮れるウィルキンス夫妻のもとへ連れ戻し、夫妻はその子をサマンサ・イヴと名付ける。

成長したイヴは分子構造に魅了される一方で異質扱いされ、やがて英才教育校へと送り込まれるが、そこでも周囲と距離を置く。彼女は能力を明かしたことで唯一の友人ヴァルを失い、後に退学処分となって普通の高校へ転校する。その間もブランディワースは遠くから見守り続け、政府のプロジェクトは欠陥のあるクローンを製造して彼女の能力を再現しようと試みては失敗を繰り返していた。イヴがヒーロー「アトム・イヴ」へと成長した頃、ブランディワースがついに接触し、彼女の能力は無から生み出すのではなく物質を改変するものだと告げ、実の母親であるポリーが彼女を生み出した実験に志願していたことを明かす。

彼らの再会は、遺伝子操作で作られたイヴのきょうだいである不安定なフェイズのクローンたちが暴走したことで打ち切られる。イヴは彼らと死闘を繰り広げ、粉塵となって崩れ去る前に「別の道があればよかった」と願うフェイズ2を抱きかかえる。ブランディワースとともに捕らえられたイヴは、政府機関がさらなる兵器を産み出すために瀕死のポリーを生かし続けていたことを知る。エリクソンがブランディワースとポリーの双方を殺害したとき、深い悲しみと怒りがイヴの真の能力を解放する。彼女は政府高官たちの記憶を消去し、自らの記録を抹消して倒れ込む。目を覚ました彼女は養父母の家へと戻り、母の腕の中で涙を流す。エピローグでは、地球に到着したばかりのノーランがデビーとまだ幼く無能力のマークを攻撃しかけるが、自らの行為に恥入るように固まる。それは地球がすでに彼を変えつつある初期の兆候であった。

イヴの真の生い立ちと彼女の創造の背後にある実験が明かされ、彼女の能力がポリーを死に追いやった原子エネルギーと結びついていることが判明する。政府のクローン計画とイヴの「フェイズ」のきょうだいたちが登場し、フェイズ2の死で幕を閉じる。ブランディワースとポリーはともにエリクソンに殺害され、それによって生じたエネルギーの急増が、ブランディワースが密かに設置していたリミッターをイヴに突破させる。

イヴは自分の秘密を知るすべての者の記憶を消去し、ウィルキンス家に戻って自らの家族を受け入れる。エピローグでは、地球に到着した直後のノーランが自らの家族に対して抱いた、辛うじて抑え込まれた暴力的な衝動が描かれる。

本スペシャルは第1シーズンの前の出来事を描いており、リザード・リーグに初めて台詞のある出番が与えられている。タチアナ・マズラニーがここでクイーン・リザードの声をつとめ、第2シーズンでもさらに2人のキャラクター（いずれも女王役）を演じることになった。イヴの友人ヴァルは原作コミックには登場しないアニメオリジナルのキャラクターである。

イヴが実の母親と対面する場面はコミック版よりもはるかに暗いトーンで描かれており、エリクソンは事故ではなく意図的にポリーを殺害する。ブランディワースの声はスティーヴン・ルートが担当し、生前のランス・レディックが本スペシャルの配信前にエリクソンの声を演じた。ある強盗がイヴをあざけって「パワーパフガール」と呼ぶが、これは配色を同じくするキャラクター、ブロッサムへのオマージュである。