忍者学校入学編

『BORUTO-ボルト- -NARUTO NEXT GENERATIONS-』のデビュー編として機能するこの期間は、アニメの最初の15話にわたって展開され、その後「うちはサラダ編」へと続く。「アカデミー編」や「ゴースト事件」とも呼ばれており、木ノ葉隠れの里全体で鵺が騒ぎを引き起こす中、忍者学校（アカデミー）での生活に落ち着くうずまきボルトを中心に据えている。同じ出来事は後に3冊の関連ライトノベルで再構成され、それぞれが独自のエピソード群をカバーしている。

鵺の事件から数週間後、ボルトは自分の奇妙な目がもはやオンにならないことに気づく。千手公園では、ナルト、サイ、シカマルがスミレについて意見を交わし、アカデミーではシノがクラスの生徒たちに、彼女がしばらく忍術の練習を休むと伝える。彼は生徒たちを3人1組に分け、猪鹿蝶を組ませ、ボルトにミツキとメタルとチームを組むように促す。スミレを心配したシノは、彼女の世話をイルカに申し出、その後彼女の独房を訪れて安心させる。翌日、3人組はスパーリングを行い、シノがスミレを迎えにそっと抜け出す間、ボルトのグループはシカダイのグループと激突し、練習用の足場が崩れ落ちてボルトが勝利を主張する試合となる。

シノが連れ帰ると、スミレは歓迎する教室に戻る。その夜、ナルトの影分身はサスケに牛頭天王に関する情報を渡し、別れる前にサスケはサクラへの謝罪を伝えるよう彼に頼む。遥か上空では、トネリが接近する神々を監視しており、一方でキンシキはカグヤに結びつく異常をモモシキに警告し、二人は地球へ出発する準備を整える。