第四次忍界大戦：カウントダウン

単行本52巻から55巻にかけての第484話から第515話に及ぶこのエピソードは、アニメNARUTO -ナルト- 疾風伝の第215話から第222話、およびその後の第243話から第256話に該当し、その間にはアニメオリジナルの航海のエピソードが挿入されている。主題は、交戦するすべての勢力が準備を整える第四次忍界大戦への道のりである。「五影会談」の後に続き、「忍界大戦編」へと繋がるこの物語は、クローン兵と蘇った伝説の忍たちを蓄える敵に対する連合軍の準備を描いている。

ナルトがサクラを致命傷から庇ったことでサスケとの決闘は中断され、トビがサスケをイタチの眼の移植へと連れ去る前に、かつてのチームが一時的に再集結する。大蛇丸の死の知らせが木ノ葉に届き、上層部が新たな火影を指名しようとした矢先に綱手が昏睡から目を覚ます。そして、村は戦争の準備へと舵を切る。妙木山に呼び出されたナルトは、楽園の島と強力な眼を持つ若者に関する予言を受け、九尾を飼いならす覚悟ができたと信じて封印の鍵を受け取る。

各里の長たちは、2人の人柱力を隠の島に隔離することを決議し、そこでついにキラービーはナルトを指導することに同意する。「真実の滝」でナルトは憎しみに満ちた自身の影と対峙し、八尾にまつわるモトイの苦痛の過去を聞いた後、その闇の自分を受け入れることで試練を乗り越える。その後、彼は自身の精神世界で解放された九尾と格闘する。仙人モードとビーの助けを借りて戦う中、母クシナの魂が現れて九尾を縛り付け、彼女のチャクラを貸し与える。ナルトは九尾の力を手に入れ、自身が人柱力にされた夜のすべての真実を知り、両親を超えるという約束と感謝を胸にクシナと別れる。

ナルトの新たな感知能力により、鮫肌の中に隠れていた鬼鮫の存在が暴かれる。ガイが昼虎で鬼鮫を打ち負かした後、この剣士は情報を明け渡すくらいならと自ら水死を選ぶが、罠が仕掛けられた巻物によって彼の集めた機密は敵の元へと渡ってしまう。雨隠れの里では、小南が長門の遺体を守るため、膨大な数の起爆札でトビを待ち伏せする。しかしイザナギによってトビは生き延び、彼は小南を殺害して輪廻眼を奪う。回復して再び仮面を被ったトビは、自我を持たない柱間のクローンと、封印された尾獣たちのチャクラを犠牲にして生み出された約10万体の白ゼツの軍隊をカブトに見せる。

カブトはその軍隊を木遁で強化するためにヤマトを捕らえ、さらに戦力を拡大すべく、倒れた暁のメンバー、過去の人柱力、歴代の影、そして高名な忍たちを穢土転生で蘇らせる。両陣営が軍勢を整え、偵察部隊が敵の拠点が「山岳の墓場」であると特定する中、蘇った死者の軍団が進軍を開始し、いよいよ戦争の幕が切って落とされる。