大筒木カグヤ襲来

漫画の終盤からなるこのエピソードは、単行本70巻から72巻の第678話から第699話までにおよび、アニメでは忍宗の起源とナルトとサスケの章の2つの部分に分かれている。すべてのチャクラの祖である大筒木カグヤ姫が登場し、彼女の突然の復活と世界を掌握しようとする試みが描かれる。十尾の人柱力誕生の物語に続き、エピローグであるThe Lastやその後の外伝へと繋がっていく。

無限月読が発動した直後、黒ゼツはマダラを裏切って彼を刺し、自分が常にカグヤの意志を帯びていたことを明かす。マダラを器として、彼は卯の女神を現代に復活させる。カグヤはカカシ班とオビトを、溶岩の荒野から氷の峰、砂漠の空間へと変化する様々な異空間に散り散りにするが、ナルトの新たな飛行能力とサスケの瞬間移動によって彼らは生き延びる。サスケは孤立した空間に飛ばされ、ナルトが分身の波で女神の足止めをしている間に、オビトとサクラは救出に向かうことを余儀なくされる。

この戦いは大きな犠牲を強いる。オビトは致命的な一撃から他の者たちを庇って命を落とすが、死の間際にカカシの両目の万華鏡写輪眼を復活させ、かつての友が戦い続けられるようにする。ハゴロモの導きにより再集結したチームは、ナルトとサスケが太陽と月の印をカグヤに当てて六道地爆天星を完成させ、彼女を封印して尾獣たちを解放する。その後、ハゴロモと集結した五影たちが全員を元の世界へと召喚するが、サスケは五影を処刑し、自らが共通の敵となって忍の秩序を再構築するという、より暗い計画を明かす。

ナルトとサスケは終末の谷で因縁の対決を行い、巨大な術を交わし合うが、最後は螺旋丸と千鳥の衝突で互いに片腕を失い倒れ込む。並んで目を覚ましたサスケは、ついにナルトを友として、そして勝者として認め、二人は共に無限月読を解術して世界を解放し、自由になったトビを消滅させる。木ノ葉隠れの里ではネジの慰霊祭を含む葬儀が執り行われ、サスケは投獄されるが、ナルトの嘆願によって恩赦が手配される。カカシが綱手の跡を継いで六代目火影となり、綱手が二人のライバルのために義手を作成する中、サスケは贖罪の旅へと出発し、ナルトから返された額当てを受け取る。