カワキ編

漫画BORUTO-ボルト- -NARUTO NEXT GENERATIONS-の第24話から第55話までを原作とするこの編は、アニメでは第188話から第205話までの殻始動編と、第206話から第220話までの大筒木覚醒編の2つの期間に分割されている。どちらのバージョンも青編に続き、漫画はコード強襲編へと繋がるが、アニメは中忍再試験編へと続く。その中心には、殻によって器として造られた少年カワキと、木ノ葉隠れの里と彼を創り出した組織との間で激化する衝突がある。

第七班に回収された不安定なカワキは木ノ葉隠れの里に連れて行かれ、ナルトは彼の敵意にもかかわらず、彼に普通の生活を味わわせることを主張する。壊れた花瓶、日常の喜びへの不器用な最初の一歩、そしてトラウマのフラッシュバックが徐々に彼の警戒心を解き、ナルトの忍耐が彼に届き始める。カワキは、無数の他の子供たちが試みの中で死んだ後、ジゲンが彼に楔を強制したことを明らかにし、少年と家族の間に絆が芽生え始める。殻の内陣であるデルタが彼を取り戻すために里を襲撃した際、ナルトは彼女を圧倒するが、彼女はボルトも楔を持っていることを知って逃亡する。

間もなくジゲン自らがやって来る。彼は軽々とナルトを制圧し、里を救うためにカワキは降伏に同意するが、ナルトは協力を拒否したため、ジゲンは彼を異空間へ追放する。そこでナルトとサスケは戦いの中でジゲンの本性を暴く。彼は物質と彼自身を微小なサイズに縮小することができ、隠された十尾から力を引き出して恐ろしい変身体になる。圧倒されたナルトは棺桶の中に封印され、サスケはかろうじて逃走する。そしてジゲンは倒れ落ち、大筒木イッシキという存在が彼の衰弱しつつある体をずっと支配していたことが明らかになる。

サラダ率いる新生第七班は、ナルトを救出するために異空間へと渡り、再生するボロに立ち向かう。彼らは最終的に彼の回復の核を破壊するが、暴走するボロはモモシキが一時的にボルトの体を乗っ取った時になってようやく倒される。殻の拠点では、科学者のアマドが木ノ葉隠れの里へ亡命し、すべてを暴露する。殻は神樹を育てることを企てており、ジゲンは大筒木と化した人間であり、楔はいつか宿主を上書きし、ボルトがモモシキになる運命にあるという。アマドの同盟者であり自来也のクローンであることが判明した果心居士はジゲンを焼き殺し、イッシキをその体で完全に復活させることを余儀なくさせる。

イッシキは果心居士を打ち破り、カワキを取り戻すために木ノ葉隠れの里を侵略し、ナルト、サスケ、ボルトを最後の異空間での戦いに引きずり込む。味方が圧倒される中、ナルトは九喇嘛が提案した、自身の命を代償に敵の寿命を削る変身である重粒子モードを受け入れ、イッシキの残された時間を数時間に、そして数分へと削り落とす。その後、カワキは影分身に刻印させるようイッシキを騙し、彼から新しい器を奪い、大筒木はついに滅びる。しかし、モモシキに操られたボルトが制圧される前にサスケの輪廻眼を破壊したことで、その勝利はすぐに台無しになり、ナルトは重粒子モードが消費したのは自分ではなく九喇嘛の命であったことを知る。狐が消滅し、ナルトは相棒のチャクラを永遠に失う。一方、遠く離れた場所ではコードがイッシキの遺志を継ぎ、復讐を誓い、ボルトかカワキを十尾に食わせて自らが神になることを約束する。