ペイン強襲

アニメでは「二人の救世主の章」と題されたこの第2部の物語は、うずまきナルトを探し求めるペインの木ノ葉隠れの里への襲撃を中心に展開する。原作では「兄弟の宿命の戦い」の後、「五影会談」の前の第413話から第453話まで、4つの単行本にまたがって収録されている。アニメ版はNARUTO -ナルト- 疾風伝の第152話から第169話、および第172話から第175話にわたり、間に2話の独立したエピソードが挿入されている。また、アニメでは「六尾発動の章」と「過去篇」に挟まれる形で構成されている。

物語は、サスケの小隊が大きな犠牲を払いながらも八尾の人柱力であるキラービーを制圧し、トビに引き渡すところから始まる。しかし、キラービーは密かにタコ足を残して生き延びていた。木ノ葉では、ペインが6体のペイン六道を村中に散開させ、防衛部隊が単一の攻撃者を特定できないようにする一方、パートナーの小南はナルトの居場所を吐くことを拒む忍たちを尋問する。ナルトが妙木山で修行していることを知った後、天道は巨大な重力波を放ち、村を跡形もなく吹き飛ばす。

フカサクや巨大な蝦蟇たちと共に逆口寄せで帰還したナルトは、仙術と完成した螺旋手裏剣を駆使し、ペイン六道のうち5体を次々と撃破する。ヒナタがナルトとペインの間に割って入り倒された時、深い悲しみがナルトを暴走させ、八本目の尾が出現するまでに至る。しかし、ナルトの精神世界に現れた父ミナトの魂が封印を修復する。九尾の支配から解放されたナルトは、最後の1体を自滅を誘う重力波の隙に誘い込み、とどめの一撃を放つ。そして、黒いチャクラ受信機を辿って長門本人の元へと向かう。

ナルトは彼を殺すのではなく、長門の過去に耳を傾ける。戦争で孤児となり、輪廻眼を開眼し、半蔵とダンゾウの陰謀によって親友の弥彦を失ったことで、彼の平和への夢は恐怖による支配へと歪んでしまっていた。自来也の小説を読み上げながら、ナルトは復讐なしでその憎しみの連鎖を断ち切ることを誓う。心を動かされた長門は、自身の命と引き換えに外道の術を発動させ、襲撃で命を落とした全員を蘇生させて息絶える。小南は長門と弥彦の遺体を連れ、暁を脱退する。

カカシに背負われて廃墟へと戻ったナルトは、村の入り口で歓喜に沸く群衆に出迎えられる。かつて彼を脅威と見なしていた者たちでさえも彼を英雄として称え、誰かに認められたいという彼の生涯の願いがついに叶う。一方、村人たちを守るためにチャクラを使い果たした綱手は、昏睡状態に陥ってしまう。

権力の空白に乗じて、ダンゾウは火の国の大名を説得し、自身を六代目火影候補に任命させる。彼は直ちにサスケを抹殺対象の抜け忍として指名手配する。別の場所では、トビがサスケの小隊を待ち伏せし、来る五影会談でダンゾウを暗殺するよう彼らに新たな任務を与え、自身の「月の眼計画」を開始するために表舞台に立つことを決意する。