プロローグ: 波の国編

アニメでは波の国護衛任務として知られる、第一部の最初のシリーズであり、この作品の真の出発点である。原作漫画の最初の4巻、第1話から第33話にまたがり、アニメNARUTO-ナルト-の第1話から第19話までが該当する。このシリーズでは第七班が結成され、中忍試験へと続く前の最初の大きな任務を通じた彼らの姿を追う。

四代目火影の命と引き換えに九尾の妖狐が生まれたばかりの赤ん坊に封印されてから12年後、その子供であるナルトは、村から敬遠されるアカデミーの落ちこぼれとなっていた。裏切り者のミズキに騙されて封印の書を盗み出したナルトは、代わりに自分の中にいる妖狐の真実を知り、恩師のイルカを救うために多重影分身の術を習得し、ついに額当てを手にする。その後、彼はサスケとサクラと共に、仲間を見捨てることはどんな掟を破るよりも悪いことだと理解したときにのみ彼らを合格させる、カカシの下に配属される。

チームは橋造りの達人タズナの護衛という日常的な任務のように見えるものを引き受けるが、その仕事は海運を牛耳る悪徳商人ガトーの雇った殺し屋を引き寄せる、はるかに致命的なものとなる。鬼兄弟の襲撃を生き延びた後、彼らは霧隠れの里の抜け忍である桃地再不斬と対峙し、カカシが辛うじて彼を制圧するが、仮面を被った人物がその体を持ち去ってしまう。再不斬がまだ生きていると疑うカカシは、下忍たちに木登りによるチャクラコントロールの特訓を行い、その一方でナルトは絶望していたタズナの孫イナリに、再び英雄を信じる気持ちを呼び起こさせる。

再不斬は未完成の橋で再戦を挑みに戻り、彼の仲間の白はサスケとナルトを氷の鏡のドームの中に閉じ込める。サスケが殺されたと思い込んだナルトは、初めて九尾のチャクラを引き出して白を圧倒するが、彼を見逃す。ガトーが瀕死の再不斬を裏切り、白の死体を冒涜すると、再不斬は血路を開いてガトーを殺し、仲間のそばに倒れ、二人は一緒に埋葬される。

ガトーがいなくなり、指導者を失った暴漢たちは、ついに自分たちの故郷を守る勇気を見出したイナリと村人たちによって追い払われる。橋は完成し、ナルトが町に灯した火を称えて「鳴門大橋」と名付けられる。絆を深めた第七班は帰途につき、物語は中忍試験へと向かっていく。