綱手探索編

この第一部のストーリーラインは暁のデビューを飾り、綱手のもとへ先に辿り着こうとする自来也と大蛇丸を対決させる。第16巻から第19巻までにわたり、漫画の第139話から第171話、アニメの第81話から第100話まで展開される。木ノ葉崩しがこれの前に位置する。漫画はそのままサスケ奪還任務へと続くが、アニメでは茶の国の護衛へと寄り道をする。Bランク任務に指定されており、ナルトが螺旋丸を習得する道へと足を踏み入れることになる。

失敗に終わった侵攻から立ち直り三代目火影を悼む木ノ葉において、ご意見番たちは自来也にその後を継ぐよう求める。彼はそれを拒否し、同門である綱手を推薦し、少年に新しい術を教えることを約束した上で、ナルトを引き連れて彼女を探しに出発する。その間、暁の二人組である干柿鬼鮫とうちはイタチが里に潜入する。彼らは猿飛アスマと夕日紅を圧倒し、カカシでさえイタチの月読に倒れるが、マイト・ガイが二人を追い払う。彼らの目的はナルトの内に封印された九尾であることが判明する。

兄が再び姿を現したことを知ったサスケは、因縁に決着をつけるべく必死にナルトの後を追う。イタチと鬼鮫は宿屋でナルトを追い詰めるが、自来也を誘き出すための幻術から解放された彼が攻撃を阻む。サスケはイタチに飛びかかるが、打ちのめされ、再び月読を受けて精神的に崩壊してしまう。暗殺者たちは自来也と直接対決するのを避けて逃亡し、ガイが打ち砕かれたサスケを里へ連れ帰り、サスケとカカシの両方を治療できるのは綱手しかいないと自来也に確信させる。

旅をしながら、自来也はナルトに螺旋丸の反復練習を始めさせる。三代目を殺害して両腕が不自由になった大蛇丸もまた、腕を治せる唯一の医療忍者である綱手を追っていた。彼は彼女のもとへ先に辿り着き、彼女の血液恐怖症と、失った弟や恋人への悲しみを知った上で、彼女の協力と引き換えに彼らを蘇らせるという約束をちらつかせ、一週間の猶予を与える。自来也とナルトも追いつき、ナルトが同じ一週間以内に螺旋丸を完成させられるかどうかで、初代火影の首飾りを賭ける。

誘惑と良心の間で引き裂かれた綱手は、最終的に大蛇丸を拒絶し、彼女の治療の裏にある殺気を側近のカブトが感知したことで戦いが勃発する。カブトは綱手の血液恐怖症に付け込み、容赦ない強敵となるが、ナルトが完全に形成された螺旋丸を彼に命中させ、心臓への痛烈な反撃を受けて倒れる。死んだ愛する者たちと少年の面影が重なり、夢を諦めない彼の姿勢に心を動かされた綱手は彼を蘇生させ、ついに彼の首に首飾りをかける。弱ったナルトを殺そうと大蛇丸が飛びかかってきた時、彼女は自ら刃を受け、血の恐怖を克服し、五代目火影の称号を名乗る。その後、三忍はマンダ、カツユ、ガマブン太を口寄せし、大蛇丸が敗れ撤退を余儀なくされる巨大な激突で幕を閉じる。

木ノ葉に戻ると、綱手はイタチが与えたサスケとカカシの傷を治癒する。彼女はロック・リーの脊椎の損傷を診察し、彼女にしか行えないその修復手術は彼を治すか殺すか五分五分の確率だと警告するが、密かな計算でその成功率は静かに上がっていく。アニメでは、三代目火影の孫である木ノ葉丸は新しい指導者という考えに反発していたが、リーに対する綱手の心からの気遣いを耳にし、心を開く。就任式の直前、シズネは机の上にあるカルテで生存率の予測が上方修正されているのを垣間見、ただ微笑むことしかできなかった。