対モモシキ編

アニメでは中忍試験編として知られる、このBORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのストーリーラインは、漫画の最初の10話とアニメの第51話から第66話までをカバーしている。映画『BORUTO -NARUTO THE MOVIE-』を再構築し、木ノ葉隠れの里で開催された中忍試験と、その後の大筒木一族の襲来にスポットライトを当てている。漫画では狢強盗団編へと続くが、アニメでは白夜団編とチョウチョウ編の間に位置し、岸本斉史の映画の原案からカットされたシーンやデザインの変更が盛り込まれている。

列車強盗の調査中、第七班と木ノ葉丸は放棄された鉱山内で生き残った白ゼツを発見する。それは第四次忍界大戦で全滅したと思われていた残党だった。ボルトの科学忍具がそれを倒すのに役立ち、一行は朽ちたゼツの繭の洞窟と、カグヤについての答えを探すうちはサスケが黒炎でさらに多くの怪物を焼き払った遺跡を見つける。サスケが父親に匹敵する強さを持っていることを知り、ボルトはその男に好奇心を抱くようになる。

別の場所で、サスケはカグヤの凍てついた異空間に足を踏み入れ、上空からモモシキとキンシキに監視される。一方、彼らの同族であるウラシキは月で裏切り者のトネリを石化させ、その視線を地球に向ける。木ノ葉では、ボルトはサラダが合格すれば自分の強さを証明できると説得するまで中忍試験を無視していた。ナルトの不在に対する彼の憤りは、火影が影分身としてしか出席しなかったヒマワリの誕生日に爆発する。

サスケがうずまき家を訪れた際、ボルトは弟子にしてほしいと懇願する。サスケは少年が螺旋丸を習得することを条件に同意し、木ノ葉丸が指導を引き受ける。小さすぎる螺旋丸に苛立ち、認められたいと強く願うボルトは、科学者のカタスケから禁じられた小手を受け取る。その間、モモシキとキンシキはキラービーを待ち伏せして尾獣を吸い取り、ナルトの九尾を狙って木ノ葉へと突き進む。

試験は筆記テストの罠、旗取り戦、そして個人戦を通して展開する。ボルトは隠し持った小手に何度も頼り、他里のライバルや友人のシカダイさえも打ち負かす。彼とサラダは最終的に我愛羅の息子であるシンキとの決勝に進み、そこでボルトの不正が彼を勝利へと導く。しかしナルトは群衆の前で忍具を暴き、彼の額当てを剥奪して失格を言い渡す。屈辱と怒りの中、カタスケがその技術を宣伝しようとするまさにその時、ボルトは父親に激しく反発する。

その瞬間、モモシキとキンシキが闘技場を急襲する。ボルトの攻撃はモモシキの輪廻眼に消え、ナルトの尾獣モードとサスケの須佐能乎だけが子供たちを守る盾となる。ナルトは市民を救うために巨大な一撃を防ぐが、捕らえられ別空間へと引きずり込まれる。救出を誓うサスケは五影を集め、傷の入った額当てをボルトに手渡し、ヒナタの承認を得て、輪廻眼のポータルを通じて少年を連れて行く。

捕らえられたナルトを神樹が喰らう荒れ地で、五影は侵略者と戦い、その間に父と子は和解する。モモシキは力を得るためにキンシキを喰らい、第三の輪廻眼を開眼して全員を圧倒し、黒い受信機でナルトを磔にする。サスケの合図で、ボルトは拘束を破る螺旋丸を命中させる。ナルトはさらに自身のチャクラを巨大な螺旋丸に加え、サスケの陽動によりボルトが止めの一撃を放ち、モモシキを滅ぼす。体が崩れ去る中、モモシキの精神はボルトに語りかけ、彼の掌に印を刻み、そのような力を持てばもはや普通の人間としては生きられないと警告する。

五影、サスケ、そしてボルトは被害を受けた木ノ葉に帰還し、広範囲にわたる損害のため中忍試験は中止を余儀なくされる。ボルトはシンキのチームに謝罪し、シカダイとの関係を修復する。一方、サスケは依然として逃亡中のウラシキを追跡するために出発する。ボルトはサラダに、火影の称号を追うよりもサスケの道を歩みたいと告げ、その夢を彼女に託す。遅れて到着したナルトは、祝えなかった誕生日の埋め合わせにケーキを持ち帰り、二人は職務に戻る前に拳を合わせる。その裏で、ウラシキはボルトを将来の脅威として密かに目を付けていた。