エッグヘッド編

「未来島編」とも呼ばれるこの第32のストーリー編は、最終章（ファイナルサーガ）を始動させる。世界会議（レヴェリー）、鬼ヶ島の討ち入り、そしてルルシア王国の消滅に続き、一味が天才科学者ベガパンクの故郷である先進的な島エッグヘッドに到達したことで、世界のバランスが変化する。ジュエリー・ボニーは、父親であるバーソロミュー・くまの身に何が起きたのかを巡り、ベガパンクを殺す決意を固めてやって来る。そこでくまの歴史と博士との繋がりが明らかになる。その後、サイファーポールの暗殺部隊が海軍による海上包囲網の引き金となり、それは地球規模で影響を及ぼす事件へと発展していく。

ワノ国を出発したばかりの麦わらの一味は、バギーがクロスギルドの傀儡の四皇として偶然にも台頭したこと、黒ひげがハンコックの能力を奪おうとしたこと、そして最も衝撃的な、コブラ王の殺害報告とビビの失踪という、世界を席巻する変化について読む。遠く離れた場所では、サボがイムによるレーザーの雨でルルシア王国が消滅するのを恐怖と共に目撃していた。エッグヘッドに到達した一味は、それぞれが彼の人格の一面を体現するベガパンクの6人の「サテライト（猫）」のうちの数人と出会い、やがてオリジナルの科学者本人とも出会う。彼の頭部は巨大な脳の卵「パンクレコーズ」へと改造されていた。ベガパンクは、知識とエネルギーを無償で共有するという夢を語り、一方サテライトのシャカは危険な仮説を明らかにする。それは、「空白の100年」とは、ある古代王国と、後に世界政府となる20の国々との間の戦争であったというものであり、オハラの学者たちが島が滅ぼされる前に守り抜いた真実だった。ロビンは、オハラの本を回収した巨人が、今も生きている旧友のサウロである可能性が高いことを知る。

ロブ・ルッチ率いるサイファーポールのチームがすべてのベガパンクを暗殺するために到着し、サテライトたちは自身の死を予見しつつも、代わりに一味を守ることを選ぶ。回想シーンで、くまの人生の全容が明らかになる。迫害されたバッカニア族として生まれ、子供の頃に奴隷にされた彼は、ゴッドバレー事件で「ニキュニキュの実」を食べ、何百人もの捕虜を解放し、友人のジニーと共に静かに暮らしていた。しかし、痛ましい犠牲の末、娘のボニーを守るために自分の体をベガパンクに委ねることになったのだった。一方、コブラ殺害の全貌が明らかになり、彼が「ネフェルタリ・D・リリ」という名前を口にした後、サボの目の前でイムが彼を打ち倒したのだった。エッグヘッドでは、五老星のサターン聖が降臨し、くまのあらゆる苦しみを企てたのは自分だと認め、ボニーの処刑を命じるが、再起動したくまが到着し、彼女を救うためにサターンを殴り倒す。

サターンは島を消し去るためにバスターコールを要請し、黄猿が攻撃に加わる。海軍がエッグヘッドに砲撃を加える中、ベガパンクは密かにパシフィスタが誰よりもボニーに従うようにプログラムしており、彼らを主君に敵対させ、報復としてサターンは彼を貫く。ルフィはギア5で戻ってきて黄猿を抑え込み、ボニーも同様の変身を解き放つ。ドリーとブロギー率いる巨兵海賊団が脱出を助けるために航海してきており、古代の「鉄の巨人」はルフィの存在によって目覚め、その名前が「エメト」であることが明らかになり、五老星と戦う。混沌の中、ベガパンクが録音した最後のメッセージが世界中に流れ、空白の100年の秘密を巡って特異な血統が消し去られていること、そして世界の運命は「ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）」を手に入れた者に懸かっていることが暴露される。エメトは蓄積されていたジョイボーイの覇気の塊を放ち、海軍を気絶させ五老星を退け、一味を逃がす。

ベガパンクは、ルルシアを破壊するために使われたマザーフレイムの一部を漏洩させたサテライトであるヨークに裏切られて死亡したが、彼の放送は、隠された歴史をほのめかし、ルフィが太陽の神ニカの生まれ変わりであることを確認することで、不可逆的に世界を変えた。ボニーは父親と自身の能力の真実を知り、ゴッドバレー事件とくまのバッカニア族の血筋が明らかになり、古代王国の存在が公の疑惑となる。麦わらの一味は、機能停止したくまとベガパンクのクローンを乗せ、エルバフへ向かう巨兵海賊団の船で脱出する一方、世界中の海賊団は「ひとつなぎの大秘宝」を手に入れるためにより一層飢えを募らせる。