「深層」は『東京喰種トーキョーグール√A』の第4話である。アオギリが喰種収容所コクレアを襲撃して囚人を解放し警備員を殺戮する中、亜門は自分を育てた喰種と対峙し、金木は共食いの本能に呑まれていく。
アオギリの樹勢力が拡大する中、和修吉時は前線へと呼び戻され、11区での作戦失敗にもかかわらず丸手斎に代理を務めるよう求める。依然として梟の正体に関する手掛かりがないCCGは、収容されている「神父」と呼ばれる喰種に着目し、亜門鋼太朗を尋問へと派遣する。
尋問によって亜門は、かつてドナート・ポルポラに育てられた孤児院での記憶を呼び覚まされる。少年時代、彼はドナートが死んだ友人を喰らっている場面に遭遇しており、なぜ自分だけが生かされたのか解らないままでいた。コクレアで真戸暁は訪問の理由を問い詰めるが答えを得られない。ドナートはアオギリも梟も知らないと主張し、亜門が立ち去ろうとした時にだけ、彼が身につけている十字架に言及する。
直後、アオギリが収容所を襲撃する。解放された囚人たちは攻撃側に加わり、警備員や捜査官をなぎ倒す。霧嶋絢都と金木研は階下へと進んだ後に二手に分かれ、タタラとノロが捜査員たちを切り倒す中、エトは歓喜してそれを見守る。安久黒奈と奈白は金木を探して潜入する。ナキと双子のガギ、グゲに追い詰められた暁は、キメラクインケ「アマツ」でナキを傷つけ、周囲の喰種の赫子を弱体化させるガス弾を投擲するが、ナキに足を噛まれる。亜門は彼女を見捨てることを拒み、群がる敵から救い出す。
救援要請を受け、篠原幸紀と鈴屋什造が収容所に到着する。什造はかつて「玲」として自分を知り再会を嫌がるクロナとナシロに出くわし、挑発して戦いに引き込む。絢都は篠原と激突し、クインケ「アラタ」が自分の父親から作られた武器だと気づいて激怒する。さらに地下深くで、金木は鯱を解放するが、利世の匂いを察知した鯱に襲われて圧倒される。エトが介入し、利世に会わせるという約束で鯱を連れ去り、遺体に囲まれて残された金木は、飢えから遺体を貪り喰い、赫者を覚醒させる。
第16話「Deeper Layers」はフィラー(アニメオリジナル)エピソードではありません。原作漫画の第82話、83話、91話、97話、100話、101話、104話をアニメ化したものですが、一部のシーンは再構成され、次話とともに圧縮されています。
第16話「Deeper Layers」では、アオギリの樹がコクリア収容所を強襲し、解放された収容者たちが看守や捜査官たちに襲いかかる。霧嶋絢都と金木研は共に施設内を進んだ後に二手に分かれ、エトが歓喜しながら見守る中、タタラとノロが職員たちをなぎ倒していく。
CCGが「梟」の正体に関する手がかりを持っていなかったため、亜門は「神父」と呼ばれる喰種ドナート・ポルポラを尋問する。この尋問はまた、少年時代にドナートが彼を育てた孤児院での亜門の記憶を呼び覚ますことにもなる。
第16話で、カネキは喰種のシャチを解放するが、リゼの匂いを察知したシャチに襲われ圧倒されてしまう。エトがシャチを誘い出し、死体の山の中に取り残されたカネキは、空腹に駆られて死体を共喰いし、それがきっかけで赫者化を引き起こす。
ナキと双子のガギ・グゲに追い詰められた真戸暁は、キメラクインケ『アマツ』でナキを負傷させ、近くにいる喰種全員の赫子の力を奪う抑制ガス手榴弾を放出する。それでもナキは彼女の脚に噛みつくが、亜門が彼女を抱えて安全な場所へと避難させる。
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