Arco da Anbu de Kakashi: O Shinobi que Vive na Escuridão

Cobrindo os episódios 349 a 361, este arco é uma produção exclusiva do anime Naruto: Shippūden inserida no meio do ápice da Quarta Guerra Mundial Shinobi. Ele relembra o serviço de Kakashi no Esquadrão Anbu, usando sua história também para iluminar o passado de Yamato e Itachi Uchiha. Os eventos se desenrolam ao longo de cerca de uma década, desde a ascensão de Minato como Hokage até a noite em que o clã Uchiha caiu.

Atormentado por sua participação na morte de Rin, Kakashi é colocado na Anbu por Minato, onde mata sem hesitação até que uma missão de vigilância mais branda sobre Kushina grávida é organizada para estabilizá-lo. Após Minato e Kushina morrerem contendo a Raposa de Nove Caudas, Danzō recruta Kakashi para a Raiz, onde ele encontra pela primeira vez um garoto que domina a Liberação de Madeira. Intrigado, Kakashi investiga os experimentos enterrados da vila, frustra um plano contra Hiruzen e poupa o garoto da Liberação de Madeira, percebendo seu valor para Konoha.

Quando os crimes de Orochimaru vêm à tona, Hiruzen não consegue se convencer a matar seu aluno e o deixa fugir. Danzō envia o garoto, Kinoe, para ajudar na fuga, atraindo tanto ele quanto Kakashi ao condenado clã Iburi, um povo capaz de se transformar em fumaça a quem Orochimaru chacina por sua habilidade. Kinoe e Kakashi salvam a sobrevivente Yukimi e passam a confiar um no outro; mais tarde, ao receber ordens para roubar o Sharingan de Kakashi, Kinoe prefere protegê-lo e adota o codinome Tenzō após se juntar à Anbu de Hiruzen.

Anos depois, um jovem Itachi entra para a Anbu enquanto Danzō o encarrega de vigiar seu próprio clã. À medida que as tensões fervilham em direção a um golpe de Estado, Danzō rouba o olho de Shisui, levando Shisui ao suicídio e despertando o Mangekyō Sharingan de Itachi. Por fim, Itachi aniquila os Uchiha, poupando apenas Sasuke e garantindo a promessa de Hiruzen de protegê-lo.

Com o massacre para trás, Kakashi é desligado da Anbu e informado de que será o mentor de um esquadrão genin. Marcado pelas perdas de sua própria equipe, ele reprova repetidamente os candidatos que negligenciam o trabalho em equipe, até que um trio chama sua atenção: o filho órfão de seu sensei, o irmão mais novo de Itachi e uma ágil kunoichi. Quando eles compreendem que ajudar um companheiro supera as regras, Kakashi os aprova e se torna formalmente o líder do Time 7, encerrando o ciclo de seus anos mais sombrios.