Tu ne sais rien !

La seconde partie s'ouvre sur la narration de Rossiu, sept ans après la chute de la capitale. Kamina City s'est élevée sur les ruines de Teppelin, le Vieux Coco a été discrètement démasqué comme étant un Homme-bête, et les questions profondes, à savoir ce qu'est réellement le Pouvoir Spiral et pourquoi Lordgenome a enfermé l'humanité sous terre, restent sans réponse. Quelque part à l'abri des regards, un compteur progresse.

Simon occupe désormais le poste de Commandant Suprême, croulant sous les documents que son Conseiller Principal Rossiu ne cesse d'accumuler. Nia lui apporte son déjeuner avant une séance du conseil à laquelle assistent Kittan, Dayakka, Iraak, Kidd, Zorthy, Jorgun et Balinbow, où Leeron rapporte qu'une fusée sonde atteindra la Lune d'ici un jour. L'ambiance se détériore lorsque Jorgun se révèle incapable de justifier le recensement qu'il est censé diriger ; Rossiu réprimande l'assemblée et obtient l'autorité sur le Bureau des Affaires Citoyennes. L'ancienne garde grommelle ensuite à son sujet autour de steaks de taupe-cochon dans un restaurant appartenant, avec une nouvelle richesse tape-à-l'œil, à l'ancien chef du village natal de Simon.

Nia confie à Kiyoh enceinte, désormais mariée à Dayakka, que Simon l'a demandée en mariage et qu'elle a refusé par simple confusion face aux mots employés. Le conseil de Kiyoh est de répondre selon ses sentiments plutôt que selon le vocabulaire, et c'est par téléphone que Nia accepte joyeusement ; Simon prend l'appel devant la statue de Kamina, se remémorant le départ déjà ancien de Yoko de la ville. Ce moment est interrompu par la nouvelle que Viral affronte l'Escadron Grapearl. Ses commandants Gimmy et Darry le battent et l'arrêtent. Viral affirme qu'il défendait des habitants du sous-sol emmenés à la surface contre leur gré et accuse Simon de suivre la voie de Lordgenome ; Rossiu rejette cette justification. Lorsque Simon remet en question les réinstallations forcées et demande ce qu'il adviendra du millionième humain, Rossiu murmure que Simon ne comprend rien.

Dans un laboratoire, Guinble rapporte l'activation réussie du Biocomputer et flatte Rossiu en le qualifiant de seule force maintenant le gouvernement en marche tandis que Simon et le conseil s'amollissent ; Kinon et les chercheurs le saluent. Cette nuit-là, Nia appelle depuis l'hôpital : Kiyoh a donné naissance à une fille, Anne. À l'intérieur de la Lune, le compteur caché atteint un million. Un portail se déchire au-dessus de la ville et une machine sans visage déverse des rayons d'énergie sur la silhouette urbaine. La ligne téléphonique coupe, des lignes de circuit rouges et lumineuses rampent sur le corps de Nia tandis qu'elle hurle, et Kiyal ne retrouve plus tard que son téléphone abandonné.

Tirs et lames se brisent inutilement sur la barrière de l'intrus, et l'Escadron Grapearl est décimé jusqu'à ce que seuls Gimmy et Darry survivent ; les anciens Gunmen ne sont pas une option, mis au rebut des années plus tôt en tant que reliques du Roi Spiral. Un rayon destiné à Darry est arrêté par une vrille : Simon a fait une sortie à bord du Gurren Lagann contre les ordres de Rossiu, répondant que la sécurité de la ville prime sur sa fiche de poste et que le vieux cockpit est le seul endroit où il peut être lui-même. Il détruit la machine avec un Giga Drill Break, mais ses fragments lumineux explosent à travers les pâtés de maisons environnants, et Rossiu observe froidement que Simon a attaqué à l'aveugle. C'est alors que l'image holographique de Nia remplit le ciel, déclarant au nom des Anti-Spirales que l'humanité a atteint le Niveau Deux de Danger du Pouvoir Spiral et que le Système d'Extermination de l'Humanité est désormais actif.

Le saut temporel commence : Kamina City s'élève sur les ruines de Teppelin, avec Simon comme Commandant Suprême, Rossiu comme Conseiller Principal et les anciens coéquipiers occupant le conseil.

Simon demande Nia en mariage, qui accepte après une confusion initiale ; Kiyoh et Dayakka s'avèrent mariés, et leur fille nouveau-née Anne devient le millionième humain à la surface.

L'Escadron Grapearl fait ses débuts sous le commandement de Gimmy et Darry, neutralisant définitivement l'Enkidudu et arrêtant Viral.

Le premier Mugann attaque, ses soubresauts d'agonie détruisant une partie de la ville ; Nia est possédée par les Anti-Spirales et le Système d'Extermination de l'Humanité s'active.

À partir de cet épisode, Bridget Hoffman prête sa voix à Nia dans le doublage anglais, remplaçant Hynden Walch, qui s'est retirée en raison de circonstances personnelles.

Le premier acte très dense révèle également que le Vieux Coco est un Homme-bête et marque les débuts de Guinble et Cybela.

L'épisode a été diffusé pour la première fois au Japon le 22 juillet 2007 et en anglais le 6 octobre 2008.