Pertarungan Takdir Antara Saudara

Dikenal dalam anime sebagai Ramalan Sang Guru dan Pembalasan, arc ini berpusat pada bentrokan antara Sasuke dan kakaknya Itachi. Arc ini berlangsung melalui volume empat puluh dua hingga empat puluh empat dari Bagian II, mengikuti Kisah Jiraiya Sang Pemberani, dan merajut duel kedua saudara, kebenaran terpendam Uchiha, dan duka Naruto.

Sasuke melacak Itachi ke tempat persembunyian lama Uchiha, dan pertarungan mereka bergerak melalui lapisan genjutsu dan pertukaran elemen, Bola Api Besar melawan Amaterasu, Kirin yang diberi makan badai, dan Susanoo Itachi yang mengayunkan Pedang Totsuka. Pedang itu menyegel Orochimaru, yang meledak keluar dari tubuh Sasuke setelah bersembunyi di dalamnya sejak upaya pengambilalihan yang gagal. Itachi terus maju meski penyakit tersembunyi yang jelas terlihat, dan ketika akhirnya ia mencapai adiknya yang kelelahan ia hanya mengetuk dahinya, menggumamkan permintaan maaf, dan mati sambil berdiri.

Sasuke terbangun dan mendapati Tobi menunggu, mengaku sebagai Madara dan menawarkan kisah sebenarnya. Ia menceritakan kembali perang lama antara Uchiha dan Senju, pendirian Konoha, dan pembelotan Madara, lalu mengungkapkan bahwa Itachi membantai klan mereka atas perintah para tetua desa untuk mencegah kudeta, hanya menyisakan adik laki-lakinya. Jauh dari penjahat, Itachi telah memikul keburukan untuk melindungi baik Sasuke maupun Konoha. Hancur oleh pengungkapan itu, Sasuke mengganti nama timnya menjadi Taka dan menetapkan tujuannya untuk meratakan desa yang telah memanfaatkan kakaknya.

Di tempat lain, Naruto yang terpukul mengetahui dari Fukasaku bahwa Jiraiya telah gugur di tangan Pain di Amegakure. Kunjungan kepada Kurenai yang sedang mengandung menenangkannya, dan ia membantu memecahkan kode kematian Jiraiya, mengungkap petunjuk bahwa tubuh asli Pain tersembunyi di tempat lain. Menjawab panggilan Fukasaku, Naruto melakukan perjalanan ke Gunung Myōboku dan menjalani pelatihan berat yang membuka Sage Mode, menyempurnakan Rasenshuriken-nya dan merancang cara untuk mempertahankan keadaan itu di tengah pertarungan.

Memilih untuk membangun kembali klannya dengan caranya sendiri daripada mengklaim mata Itachi, Sasuke memimpin Taka mengejar jinchūriki Ekor Delapan, Killer B dari Kumogakure, atas perintah Tobi. Mereka mengepung jinchūriki itu di Lembah Awan dan Petir, di mana pertarungan sengit meletus dan membawa cerita berlanjut.