Perang Dunia Shinobi Keempat: Hitung Mundur

Membentang dari bab 484 hingga 515 di seluruh volume 52 hingga 55, rangkaian ini diadaptasi menjadi episode 215 hingga 222 dan kemudian 243 hingga 256 dari Naruto: Shippuden, dengan pelayaran filler disisipkan di antaranya. Subjeknya adalah persiapan menuju Perang Dunia Shinobi Keempat saat semua pihak yang bertikai mempersiapkan diri. Mengikuti Five Kage Summit dan mengarah ke Confrontation, arc ini mencatat persiapan aliansi melawan musuh yang menimbun baik prajurit kloning maupun legenda yang dibangkitkan.

Duel Sasuke terputus ketika Naruto melindungi Sakura dari serangan mematikan, mempersatukan kembali tim lama secara singkat sebelum Tobi membawa Sasuke pergi untuk menerima mata Itachi yang ditransplantasikan. Kabar kematian Orochimaru mencapai Konoha, Tsunade tersadar dari komanya tepat saat para tetua bersiap menunjuk Hokage baru, dan desa beralih untuk mengatur persiapan perang. Dipanggil ke Gunung Myoboku, Naruto menerima ramalan tentang pulau surga dan seorang pemuda dengan mata perkasa, lalu menerima kunci segelnya dengan keyakinan bahwa ia siap menjinakkan Ekor Sembilan.

Para pemimpin memutuskan untuk mengurung kedua wadah di sebuah pulau tersembunyi, di mana Killer B akhirnya setuju untuk mengajar Naruto. Di Air Terjun Kebenaran Naruto menghadapi bayangan pahit dari dirinya sendiri dan, setelah mendengar sejarah menyakitkan Motoi dengan Ekor Delapan, merangkul diri gelap itu untuk mengatasinya. Ia kemudian bergulat melawan rubah yang dilepaskan di dalam pikirannya sendiri, mengandalkan Sage Mode dan bantuan B, hingga roh ibunya Kushina muncul untuk mengikat beast itu dan meminjamkan chakranya. Naruto merebut kembali kekuatan rubah, mempelajari kebenaran penuh tentang malam ia dijadikan wadah, dan berpisah dari Kushina dengan rasa terima kasih dan janji untuk melampaui orang tuanya.

Kemampuan sensor baru Naruto mengungkap Kisame, yang bersembunyi di dalam Samehada, setelah Guy mengalahkannya dengan Daytime Tiger, pendekar pedang itu menenggelamkan dirinya daripada menyerahkan informasinya, meskipun gulungan yang dijebak masih menyelundupkan rahasia yang telah ia kumpulkan kembali ke musuh. Di Amegakure, Konan menyergap Tobi dengan hamparan kolosal tag peledak untuk melindungi jasad Nagato, namun Izanagi membiarkannya bertahan hidup, dan ia mengklaim Rinnegan setelah membunuhnya. Dipulihkan dan bertopeng kembali, Tobi menunjukkan kepada Kabuto klon Hashirama tanpa pikiran dan pasukan sekitar seratus ribu White Zetsu yang ditumbuhkan dengan mengorbankan chakra para beast yang tersegel.

Kabuto menangkap Yamato untuk memperkuat pasukan itu dengan Wood Release dan, untuk lebih memperbesar barisannya, mereinkarnasi daftar Akatsuki yang gugur, mantan wadah, Kage, dan shinobi terkenal. Saat kedua aliansi mengerahkan pasukan mereka dan pengintai menentukan lokasi sarang musuh di Mountains' Graveyard, gerombolan yang dibangkitkan berbaris keluar dan perang siap dimulai.