Serangan Kaguya Ōtsutsuki

Diambil dari bagian akhir manga, arc ini mencakup bab 678 hingga 699 yang tersebar di volume 70 sampai 72, dan dalam anime arc ini dibagi menjadi dua bagian berjudul The Origins of Ninshū dan The Chapter of Naruto and Sasuke. Arc ini memperkenalkan Putri Kaguya Ōtsutsuki, sumber dari semua chakra, dan menggambarkan kembalinya yang tiba-tiba serta upayanya untuk merebut dunia. Ceritanya mengikuti Birth of the Ten-Tails' Jinchūriki dan berlanjut ke The Last, epilog, dan cerita sampingan selanjutnya.

Sesaat setelah Infinite Tsukuyomi dilepaskan, Black Zetsu berkhianat terhadap Madara, menikamnya dan mengungkapkan bahwa ia selama ini membawa kehendak Kaguya. Dengan menggunakan Madara sebagai wadah, ia membangkitkan dewi kelinci ke era sekarang. Kaguya mencerai-beraikan Team Kakashi dan Obito ke serangkaian dimensi yang terus berganti, mulai dari gurun lava hingga puncak beku dan kehampaan gurun, dan hanya kemampuan terbang Naruto yang baru diperoleh serta teleportasi Sasuke yang menjaga mereka tetap hidup. Sasuke terlempar ke alam yang terisolasi, memaksa Obito dan Sakura untuk melakukan penyelamatan sementara Naruto menahan sang dewi dengan gelombang klon.

Pertempuran itu menelan korban besar. Obito melindungi yang lain dari serangan mematikan dan gugur, tetapi tidak sebelum memulihkan sepasang Mangekyō Sharingan milik Kakashi agar rekan lamanya dapat terus bertarung. Dengan Hagoromo yang membimbing tim yang kembali bersatu, Naruto dan Sasuke menempelkan tanda matahari dan bulan mereka pada Kaguya dan menyelesaikan Six Paths Chibaku Tensei, menyegelnya dan membebaskan para bijuu. Hagoromo dan para Kage yang berkumpul kemudian memanggil semua orang pulang, tetapi Sasuke mengungkapkan rencana yang lebih kelam: mengeksekusi kelima Kage dan membentuk kembali tatanan shinobi dengan dirinya sebagai musuh bersama.

Naruto dan Sasuke membawa perseteruan mereka ke Valley of the End, saling melancarkan jutsu raksasa hingga keduanya ambruk, masing-masing kehilangan satu lengan dalam bentrokan terakhir antara Rasengan dan Chidori. Terbangun bersebelahan, Sasuke akhirnya menerima Naruto sebagai teman dan pemenang, dan keduanya bersama-sama membatalkan Infinite Tsukuyomi, membebaskan dunia dan membunuh Tobi yang telah dibebaskan. Konoha mengadakan pemakaman, termasuk peringatan untuk Neji, dan Sasuke dipenjara sebelum pengampunan diatur melalui permohonan Naruto. Kakashi menggantikan Tsunade sebagai Hokage Keenam, Tsunade membuat lengan buatan untuk kedua rival tersebut, dan Sasuke berangkat untuk mencari penebusan, menerima kembali pelindung dahi yang dikembalikan Naruto kepadanya.