Misi Pelacakan Mizuki

Mencakup episode 142 hingga 147, arc filler ini berada tepat setelah Land of Rice Fields Investigation Mission di Bagian I, sebelum Bikochu Search Mission. Arc ini menghadirkan kembali Mizuki, instruktur Akademi yang mengkhianati Konoha di awal seri, kini kembali sebagai ancaman yang jauh lebih mematikan.

Bersiap memulai tiga tahun pelatihan di bawah Jiraiya, Naruto sangat marah mengetahui Tsunade justru mengirim Sannin tersebut untuk mengumpulkan intelijen. Setelah Jiraiya menyelinap pergi, Naruto menguping salah satu pertemuan Tsunade dan mengetahui bahwa Mizuki telah melarikan diri dari tahanan dan terkait dengan Orochimaru. Melihat kemungkinan jalur lain menuju Sasuke, Naruto berangkat mengejar buronan itu dan bergabung dengan Iruka. Ketika mereka menemukan Mizuki, kekuatan barunya sangat mengkhawatirkan, dan Iruka mengarahkan Naruto untuk menghadapi Legendary Stupid Brothers sementara ia sendiri menghadapi Mizuki. Kewalahan oleh kekuatan mentah kedua bersaudara itu, Naruto diselamatkan oleh Tim 10, yang mengambil alih pertarungan agar ia dapat mencapai Iruka.

Di perjalanan Naruto bertemu Tsubaki, mantan kekasih Mizuki, dan dengan bantuannya mereka menemukan tempat persembunyian Mizuki, tempat mereka mendapati bahwa ia telah diberi instruksi untuk obat peningkat performa. Saat Tim 10 hampir kalah melawan kedua bersaudara yang sangat kuat itu, Tsunade tiba dan meyakinkan keduanya bahwa Mizuki telah menipu mereka, mengirim mereka kembali menuju penjara. Mizuki kemudian menelan obat tersebut dan membengkak menjadi versi mengerikan dari dirinya sendiri, mengalahkan Naruto dan Iruka.

Menyadari bahwa kecepatan Mizuki turun drastis saat ia menyalurkan semakin banyak chakra menjadi kekuatan kasar, Naruto dan Iruka memanfaatkan kelemahan itu dengan manuver yang diatur waktunya secara tepat yang diakhiri dengan Rasengan. Setelah Mizuki dilumpuhkan dan diinterogasi, ternyata ia tidak mengetahui apa pun tentang keberadaan Orochimaru, sehingga harapan Naruto untuk mendapatkan petunjuk tentang Sasuke tidak terpenuhi.