Misi Penyelamatan Sasuke

Berlatar selama Bagian I, arc ini, yang juga diberi label Pemulihan Sasuke Uchiha dan, dalam anime, Lembah Akhir, mengikuti upaya Konoha untuk mencegah Sasuke membelot. Arc ini berlangsung di volume 20 hingga 27, mencakup bab manga 172 hingga 238 dan episode anime 107 hingga 135. Manga menempatkannya setelah pencarian Tsunade dan sebelum Kakashi Gaiden, sementara anime menyelipkannya di antara pengawalan Negeri Teh dan penyelidikan Negeri Sawah. Dinilai sebagai misi peringkat A, arc ini menandai momen ketika obsesi Sasuke akhirnya memisahkannya dari teman-temannya.

Bahkan pengaruh mendalam Naruto tidak dapat mencegah Sasuke meninggalkan rumahnya demi mengejar bimbingan Orochimaru. Kebencian yang kembali menyala terhadap Itachi dan dorongan untuk membalaskan dendam Uchiha telah meyakinkan Sasuke bahwa kekuatan mentah lebih penting daripada segalanya. Tersengat karena dicap lemah oleh kakaknya, dan terusik oleh tanda-tanda bahwa Naruto mulai melampauinya, ia memulai perkelahian di atap rumah sakit. Kakashi turun tangan tepat ketika Rasengan dan Chidori hampir bertemu, mengalihkan kedua ledakan ke tangki air di dekatnya dan menyelamatkan Sakura. Bagian belakang target Naruto yang berlubang mengguncang Sasuke, yang memahami bahwa ia mungkin telah kalah.

Kunjungan dari Empat Suara, yang mengiming-imingi janji kekuatan, mendorongnya melewati batas. Sasuke menyelinap pergi malam itu, dan Sakura memergokinya di tepi desa, mengungkapkan perasaannya, dan memohon agar ia tetap tinggal. Ia berterima kasih padanya, membuatnya pingsan, dan meninggalkannya di bangku. Shikamaru mengumpulkan tim pengejar beranggotakan lima orang yang terdiri dari dirinya sendiri, Kiba, Naruto, Choji, dan Neji, dan kelompok itu mengejar regu pengawal yang membawa Sasuke menuju musuh.

Para pengejar terpecah satu per satu. Choji menjatuhkan Jirobo hanya setelah menelan pil paling berbahaya milik klan Akimichi, yang hampir merenggut nyawanya. Neji bertahan lebih lama dari Kidomaru dengan membalikkan benang chakra ninja laba-laba itu melawannya, menyegel titik chakra musuh dengan risiko fatal bagi dirinya sendiri. Kiba dan Shikamaru hampir kewalahan oleh Sakon, Ukon, dan Tayuya sampai Kankuro dan Temari dari Suna tiba untuk menghabisi musuh-musuh tersebut. Kimimaro, yang lebih mematikan daripada seluruh Empat Suara digabungkan, kemudian menghalangi pengejaran, tetapi penyakit terminalnya merenggutnya di tengah pertempuran saat Gaara dan Rock Lee yang bertarung dalam keadaan mabuk menahan garis depan.

Naruto akhirnya menyusul Sasuke di Lembah Akhir. Didukung oleh Segel Kutukannya dan memanfaatkan chakra rubah iblis, keduanya saling bertukar wujud yang semakin meningkat sebelum bentrokan terakhir antara Rasengan berselubung rubah melawan Chidori yang terdistorsi. Sasuke berdiri di atas Naruto yang tak sadarkan diri, memilih untuk mengampuninya, dan melanjutkan perjalanan menuju Otogakure. Kakashi tiba terlambat dan menggendong Naruto pulang, sementara Zetsu dari Akatsuki mengamati seluruh pertukaran itu dari persembunyian.

Pemulihan berakhir dengan kegagalan, dan korbannya sangat berat. Neji dan Choji berhasil selamat berkat Tsunade, Shizune, dan catatan medis Nara, sementara Kiba pulih di bawah perawatan kakaknya Hana. Shikamaru, yang menyalahkan dirinya sendiri karena membahayakan tim, hampir berhenti menjadi shinobi sampai ayahnya membujuknya untuk tidak melakukannya. Sakura, yang malu akan ketidakberdayaannya, meminta Tsunade untuk melatihnya sebagai ninja medis. Jiraiya, yang tidak dapat menggoyahkan penolakan Naruto untuk menyerah pada Sasuke, memutuskan untuk membawanya pergi selama kurang lebih dua setengah tahun pelatihan menjelang ancaman Akatsuki yang akan datang. Dalam manga Naruto berangkat langsung dari rumah sakit, sedangkan anime menahannya di desa selama beberapa bulan lagi sebelum ia berangkat.