未来の時間

暗殺の翌朝、烏間は報道規制から手厚い見守りに至るまで、事件の影響を和らげるために全力を尽くすと3年E組に約束する。片岡の願いを受け、彼は午後の卒業式への出席を許可し、生徒たちは彼とイリーナに向かって感謝の礼を捧げる。式中、浅野理事長は卒業証書を手渡しながら渚の瞳に宿る新たな自信を感じ取り、渚はこれから入学してくる生徒たちにもっと優しく接するよう諭す。式を終えて外に出た渚は、両親が並んで立っていることに驚く。父親は1か月前に殺せんせーが訪れ、渚が下の名前で呼ばれることを望んでいると伝えてくれたことで復縁のきっかけができたと明かす。心を動かされた母・広海は再構築に同意し、渚は嬉し泣きをするのだった。

報道陣が押し寄せる中、五英傑が防波堤となって生徒たちをバスへと誘導する。浅野学秀は地元に残る唯一の生徒であるカルマに対し、殺せんせーのすべてを解明するつもりだと伝える。その後の数か月で3年E組の仕組みが世に知れ渡って廃止され、校舎のある山は封鎖され、浅野理事長は暗殺計画を認可した責任を問われて理事を解任されるが、教育界への復帰が予想されている。政府は300億円の報酬を支払うが、生徒たちは教師の教えに従い、必要な分だけを手元に残し、一部を若葉パークの施設に寄付し、旧校舎の土地を買い取り、残りを誠意として国に返還するのだった。

7年後、イリーナと結婚した烏間は彼女を中東での任務へと送り出し、彼女がほとんど変わっていないと感じる。クラスが所有することになった山の校舎では、カエデが植えた花の手入れをし、かつてのクラスメイトたちが集まって敷地の整備や近況報告を行う。岡野はアクロバットの練習をし、倉橋は自然体験ツアーを主宰し、奥田と竹林は殺せんせーのノートをもとに人工血液を開発する研究室を共有し、杉野の投球はプロのスカウトを引きつけ、寺坂は政治家の秘書となり、吉田・村松・糸成は実家の稼業を継いでいる。律は完全にオンライン上で暮らしながら仲間を助け、狭間は司書として働き、中村はロンドンへ留学し、カルマは経済産業省に入省している。

一方、渚は他の誰もが背を伸ばし、カルマが185センチにもなった中で、自分は7年で1センチしか伸びていないと嘆く。荒れたクラスに教育実習生として赴任した渚は、小柄で幼い見た目を馬鹿にされ、着席を促すと一人の生徒から「殺すぞ」と凄まれる。その言葉に渚のスイッチが入り、少年の首筋に猫だましを喰らわせ、卒業までに殺せるといいなと冷静にエールを送る。渚が教壇に立ち授業を始めると、圧倒された生徒は渚の傍らに立つ殺せんせーの幻影を見るのだった。

最終回は日本では2016年6月30日に放送され、原作漫画の第178話後半、第179話、第180話を題材にしている。アニメ放送では原作で描かれたシロの最終的な結末が省略され、原作で生徒たちを警護していた政府の兵士なしで卒業式が描かれている。最後の演出として、オープニング映像の黒板に描かれたカウントダウンがお祝いのメッセージに差し替えられている。