エピソード

シリーズの幕開けとなる本作では、落ちこぼれクラスである3年E組と、その担任として赴任した奇妙な触手生物が描かれる。月の大部分を破壊して三日月に変えた彼は、1年以内に自分の生徒たちに殺されなければ、地球も同じ目に遭わせると宣言する。

暗殺の試みに野球を取り入れている3年E組の生徒・杉野は、ターゲットへの攻撃が失敗に終わり自信を失ってしまう。崩れかけた彼の自信とそれを心配する渚の姿を見て、殺せんせーはピッチャーとしての自分自身のスタイルを取り戻させるべく指導に乗り出す。

停学処分を終えた赤羽業（カルマ）が3年E組に復帰し、殺せんせーに初めて傷を負わせた生徒となる。あらゆる手を読んで対処する殺せんせーに対し、カルマは執拗な悪戯を仕掛けるが、崖からの飛び降りという暴挙を経て、殺せんせーがどのような教師であるかが明かされる。

政府はプロのハニートラップ師であるイリーナ・イェラビッチを新たな英語教師として3年E組に送り込み、生徒たちには不可能な暗殺を狙う。殺せんせーは即座にその企みを見破るが、毒舌な暗殺者の滞在はクラスに思いがけない影響を残すことになる。

イリーナの師匠であるロヴロ・ブロフスキが現れ、彼女が3年E組にすっかり馴染んでいる姿を見て落胆する。ロヴロは彼女に暗殺の仕事から引退するよう命じ、イリーナは殺し屋としてのプライドと生徒たちとの間に芽生えた絆との間で葛藤する。

2人目の暗殺者である触手を持つ少年・堀部糸成（イトナ）が、『兄』と呼ぶ殺せんせーの命を奪うことだけを目的にE組へと転校してくる。彼の登場により殺せんせーは珍しく本気の決闘を強いられ、生徒たちは担任を殺すために本当に必要なものは何かを考えさせられる。

椚ヶ丘中学校で球技大会が開催され、E組の男子生徒たちはエリート野球部とのエキシビションマッチに向けて猛特訓を重ねる。実力以上の戦いを見せて落ちこぼれたちがリードした瞬間、浅野理事長が介入し、試合は2人の教育理念の対決へと発展する。

魅惑的な新しい体育教師、鷹岡明がE組の体育の訓練を担当するために着任し、父親のような親しみやすさですぐに生徒たちの心をつかむ。しかしその温厚さは仮面に過ぎず、訓練が苛烈を極めるにつれて凶暴な本性が露わになり、乗り気でない渚が自身の力を証明せざるを得なくなる。

夏が訪れ、殺せんせーは暑さを凌ぐために森の奥深くに隠しプールを作り上げる。他の生徒たちが水遊びを楽しむ中、クラスで浮いた存在になりつつあった寺坂はシロの企みに乗り、クラスメイトを危険に晒す罠の実行に協力してしまう。

期末テストが目前に迫る中、E組は理事長の息子である浅野学秀率いるA組のトップ生徒集団「五英傑」との決戦に備える。主要5教科でどちらのクラスがより高い点数を取るかを賭けた勝負が持ち上がり、両クラスは決戦の日を目指して猛勉強を開始する。

2日間にわたる過酷な期末テストが終了して結果が発表され、E組とA組の賭けの行方が決する。落ちこぼれとされるE組の生徒たちは浅野率いるA組の精鋭たちと互角に渡り合い、その勝利の報酬と鮮やかな抜け穴によって、生徒たちの夏の暗殺計画は大きく描き直されることとなる。

夏休みに入り、沖縄旅行のお小遣いを稼ぐため、E組の生徒数名が珍しいカブトムシやクワガタを狙って虫取りに励む。彼らは岡島が殺せんせーに仕掛けた罠に行き当たり、その後、長年計画してきた暗殺作戦の舞台となる島のリゾートへと旅立つ。

殺せんせーに対する島での暗殺作戦が遂に始動し、E組史上最も野心的な暗殺計画の全ての準備が整う。綿密に組み上げられた計画はあと一歩のところまで追い詰めるが、その直後に訪れた致命的な新たな脅威により、バカンスは時間との戦いへと一変する。

クラスメイトたちが毒に侵され残り時間はわずか1日という状況下、無事だった15名のE組生徒たちは断崖絶壁を登り、警備の厳重なホテルへ潜入して、殺し屋たちから解毒薬を奪取しなければならない。教師陣が一人また一人と倒れていく中、これまでの訓練の全てが試される救出作戦が始まる。

解毒薬を求めて最上階を目指すE組の生徒たちは、次々と現れる雇われの殺し屋たちと対峙する。カルマが素手の殺し屋グリップとの激しい決闘で先陣を切り、一行の階上への進撃は知恵とチームワークを駆使した連続撃破の展開となっていく。

アニメ『暗殺教室』の第21話では、3年E組の生徒たちがタワーの最終区間に挑む。劇場ではガストロが待ち受け、屋上では顔に傷を持つ錯乱した男が解毒薬を人質に取って待ち構えていた。渚はかつての因縁の敵との屋上での対決に引きずり込まれていく。

第1期のフィナーレ。殺意に呑まれかける渚はクラスメイトに呼び戻され、密かに受け継いだ暗殺術を試すべく鷹岡との再戦に臨む。一方、危機を引き起こした殺し屋たちは思いがけない情けを見せる。

「集会の時間」は、アニメ『暗殺教室』の第5話である。化学に没頭する奥田は殺せんせー毒殺の試みを繰り返すが、彼自ら致死毒の調合を手伝うと申し出たことで、授業は毒物ではなくコミュニケーションに関する学びへと展開していく。

「修学旅行の時間 1時間目」は、アニメ『暗殺教室』の第7話である。待ちに待った京都への修学旅行は暗殺の絶好の機会でもあったが、女子生徒2名が不良グループに連れ去られたことで旅に暗雲が立ち込め始める。

「修学旅行の時間 2時間目」は、アニメ『暗殺教室』の第8話である。雇われた腕利きスナイパーが京都での暗殺計画に参戦し、この修学旅行でついに殺せんせーの命が潰えるのかという緊張が高まる。

「テストの時間」は、アニメ『暗殺教室』の第6話である。初の中間テストが迫る中、殺せんせーは生徒たちの熱心な指導に乗り出すが、勉強しても何も変わらないという生徒たちの疑念に対し、彼は学校そのものを賭けた条件を提示する。

「転校生の時間」は、アニメ『暗殺教室』の第9話である。3年E組に新しいクラスメイトが転校してくるが、その正体は人間ではなく、殺せんせーを射殺するために開発された兵器化された人工知能であった。

第2期は明るい雰囲気で始まり、3年E組は島での最後の夜を仕組まれた肝試しで過ごし、その後イリーナと烏間の恋のキューピッド役を務める。休暇の締めくくりに夏祭りが開催される中、不穏な銃撃事件が今後の波乱を予感させる。

卵の大量余剰に着想を得たカエデは、爆弾を仕込んだ巨大プリンを作って殺せんせーの甘党ぶりを試す計画を提案する。その作戦が失敗に終わると、変態の偽者が先生に罪をなすりつけ、クラスを夜間の待ち伏せへと誘い出し、新たな黒幕の存在が明らかになる。

シロによる殺せんせーへの3度目の刺客計画が破綻し、敗北を重ねるイトナは後見人であるシロに見捨てられ、自身の触手に蝕まれていく。3年E組は彼を見殺しにすることを拒み、寺坂グループが彼の『勝ち』への執着を解き放つ役目を引き受ける。

E組に馴染み始めた糸成は殺せんせーを狙うラジコン戦車を制作するが、男子生徒たちにくだらない目的で乗っ取られてしまう。その後、1日限定のコードネームをクジ引きで決めることになり、教室は恥ずかしいあだ名が飛び交う喜劇と化す。

禁止されているカフェでのバイトが発覚した磯貝は、浅野学秀から退学を盾に体育祭の棒倒し対決を迫られる。人数も体格も圧倒的に不利な中、E組は巧みな戦術を駆使してA組の棒を倒すべく立ち向かう。

無謀な屋根伝いの訓練でお年寄りにケガをさせてしまったため、殺せんせーはテスト勉強を禁止し、弱者を助ける教訓として生徒たちに彼が営む保育園の手伝いを命じる。2週間の奉仕作業によって園舎と悩み抱える一人の少女が生まれ変わるが、中間テストの順位は落ちてしまうのだった。

誕生日のおせっかいな作戦がきっかけでイリーナは姿を消すが、「死神」と呼ばれる伝説の殺し屋の人質として捕らわれてしまう。教師抜きでアジトへと乗り込んだ3年E組の生徒たちは、圧倒的な実力差の前に絶望的な戦いを強いられる。

殺せんせーと烏間は死神のアジトに到達するが、死神は生徒全員を人質にして脅迫する。烏間は任務と生徒たちの命を天秤にかけねばならず、殺し屋を倒すための闘いの中でイリーナの過酷な過去が明らかになる。

進路相談をきっかけに渚は自らの才能が本当に向いている場所に向き合うことになるが、母の広美は彼を本校舎に引き戻そうと画策する。変装した教師、潜む殺し屋、そして親の内に秘められた怨念の狭間で、少年は3年E組に留まるべきかを自ら決断しなければならない。

椚ヶ丘中学校の2日間にわたる学園祭には全国から多くの人が訪れ、山校舎の落ちこぼれクラスは浅野学秀の豪華な企業スポンサー付きカフェと戦わなければならない。森で採れたどんぐり麺と度胸だけを武器に、3年E組はハンデを強みに変えようと奮闘する。

学園祭で落ちこぼれたちに肉薄されたことに激怒した浅野理事長は、自らA組の指導を引き受け、山校舎の生徒たちを叩き潰すための極悪な期末テストを用意する。父親の教えに幻滅した学秀は、3年E組に対し、上位50位を独占してその教育方針を打ち砕いてほしいと静かに依頼する。

期末テストはたった1つの数学の問題でクライマックスを迎え、カルマと学秀の2人だけが残される。3年E組による上位50位の独占は理事長に屈辱を与え、彼は山校舎を重機で破壊し、対先生用手榴弾を仕掛けたギャンブルで殺せんせーの解雇を懸けて勝負を挑む。

殺せんせーはこれ以上の自傷をすることなく理事長の仕掛けた問題集ギャンブルを突破し、浅野に彼を冷酷に変えた過去の悲劇を思い起こさせる。かつて一人の幼い候補生の自殺が、理想に燃える塾講師を椚ヶ丘の「弱肉強食」の教義を生み出した冷徹な支配者へと変貌させたのだった。

カエデがついに牙を剥き、1年間隠し続けてきた触手を生やして自らの正体が雪村あかりであることを明かし、殺せんせーに殺されたと信じる姉の仇を討とうとする。演技の仮面が剥がれ落ちた彼女は、3年E組に来た初日から目論んでいた復讐の歩みを振り返る。

触手に自我を呑み込まれそうになるカエデを救うため、渚はイリーナ直伝のキス技術を駆使して彼女の正気を取り戻させ、殺せんせーが触手を切断する隙を作り出す。約束を果たした先生は、ついに初代「死神」としての半生と雪村あぐりとの運命的な絆について語り始める。

殺せんせーは自身が現在の姿に至った経緯の全貌を語り終える。柳沢の実験が致命的な破局へと向かう中、三日月が生まれ、あぐりが命を落とし、絶望に暮れた殺し屋は3年E組の担任教師へと生まれ変わり、生徒たちに重い問いを投げかける。

殺せんせーを救うという渚の提案によってクラスの意見は真っ二つに割れ、業（カルマ）との議論は取っ組み合いの喧嘩に発展する。殺せんせーはペイントボールを用いたフラッグ戦（サバイバルマッチ）でこの亀裂に決着をつけさせ、勝利したチームの主張をクラス全体の答えとすることを提案し、こうして3年E組の内戦が幕を開ける。

内戦は一騎打ちの殴り合いへと絞られ、カルマは渚に正々堂々の勝負を挑む。純粋な腕力では劣るものの、渚は1年間の学びのすべてを解き放って決定打を放ち、救出派に勝利をもたらして3年E組を殺せんせー救出計画へと導く。

殺せんせーを救う可能性を秘めた研究データは、国際宇宙ステーションの船内にあり、何者も手を出せない場所にあった。殺せんせーと律のサポートの下、クラス一同は渚と業を発射直前のロケットへ密航させ、データを回収すべく二人を宇宙へと送り出す。

第23.5話とナンバリングされた本作は、TVアニメ『暗殺教室』第2期の最初のボーナスエピソードであり、通常の第23話と第24話の間に位置する竹林にスポットを当てたサイドストーリーである。

「宇宙の時間」はTVアニメ『暗殺教室』のボーナスエピソードであり、本作における2番目のスペシャルエピソードにあたる。第2期の第19話と第20話の間に位置し、原作漫画のエピソードを元に構成されている。

「ラスボスの時間」は、アニメ『暗殺教室』の第45話（第2期第23話）である。かつての弟子である死神と柳沢の二人から追いつめられた殺せんせーは死闘を繰り広げ、茅野の決死の掛けが戦況を一変させる。

「未来の時間」はアニメ『暗殺教室』の第47話であり、最終話である。殺せんせーの死の後、3年E組の生徒たちは卒業して日常へと戻り、7年後の彼らの姿が描かれる。

「卒業の時間」は、アニメ『暗殺教室』の第46話（第2期第24話）である。茅野の命が救われ力尽きた殺せんせーは、生徒たちに自分たちが集められた本来の目的である暗殺を遂行するよう静かに頼む。

「ハッピーバースディの時間」は、アニメ『暗殺教室』の第44話（第2期第22話）である。山を包囲する兵士たちを突破した3年E組はついに殺せんせーのもとへと辿り着くが、突如として襲いかかる残虐な伏兵によって再会は引き裂かれる。

「信頼の時間」はアニメ『暗殺教室』の第43話（第2期第21話）である。殺せんせーの暗殺期限まであと1週間余りとなり、生徒たちが進学先を決める中、政府はついに最終暗殺計画を始動させる。

「バレンタインの時間」はアニメ『暗殺教室』の第42話（第2期第20話）である。バレンタインデーが近づく中、渚は卒業後の進路に悩み、カエデをはじめとするクラスメイトたちは大切な人へのチョコレートの準備を進める。

スピンオフ『殺せんせーQ（クエスト）!』の第1話では、おなじみのキャストがファンタジーRPGの世界へと飛び込み、教師は魔王、生徒たちはバグを抱えた見習い勇者として登場する。自らを倒そうとする者たちを自ら指導し、いつか本気で自分を倒せるように育てるという、シリーズの定番ギャグが展開される。