ゴジラ

コラボレーション素材では『シン・ゴジラ』のデザインが採用されている。絶えず進化を続けるこの生物は、最初は鰓を持つ匍匐形態として上陸し、やがて傷痕の刻まれた赤い皮膚を持つ第4形態となって2本足で立ち上がる。背中にはギザギザとした背鰭が連なり、尾の先端には痕跡器官となった2つ目の頭部が存在し、目には危害から保護するための銀色の瞬膜が備わっている。

『シン・ゴジラ』における体高は118.5メートルと設定されているが、『ザ・リアル 4-D』のアトラクションではキリよく120メートルへと拡大されている。

ゴジラの振る舞いには計算や企みを感じさせるものが一切なく、歩く天災として行動する。挑発によって凶暴化し、壊滅的なエネルギー放出の後にエネルギーを使い果たして休眠状態に入り、再び何かに脅かされるまでその状態を保つ。『ザ・リアル 4-D』の物語は象徴的な場面で幕を閉じる。キングギドラが倒れると、ゴジラはそれ以上人間を脅かすことなく静かに海へと立ち去り、人類をそのまま放置して満足するのだった。

『ザ・リアル 4-D』のアトラクションでは、ゴジラが政府の観測機「GLAUX（グラウクス）」を撃墜するが、踏み潰される直前に碇シンジの乗る初号機が機体を救出する。式波・アスカ・ラングレーと綾波レイが2号機と零号機で参戦するものの、いかなる攻撃も効果を奏さない。怪獣は巨体と尾の一撃で3機のエヴァを軽々と払いけけ、A.T.フィールドをいとも容易く破ってしまう。やがてゴジラの体内で紫色の光が高まり、上空の不可視の存在に向けて放射熱線を放つと、その爆発からキングギドラが姿を現す。2大怪獣は激しい撃ち合いを繰り広げ、ギドラは熱線を逸らしつつ引力光線でビル群を吹き飛ばすが、ゴジラは背鰭からのレーザー波状攻撃を叩き込んだ後にエネルギーを使い果たして活動停止へと陥る。エヴァ単体では手も足も出ず、初号機がギドラの胸にタワーの尖塔を突き刺しても宇宙怪獣には傷一つつけられない。眠れる怪獣への攻撃は目覚めさせるという裏目に出るが、復活したゴジラはギドラと熱線の押し合いを展開し、引力光線を徐々に圧倒して眩い閃光とともに敵を消滅させ、静かに海へと帰っていく。

映画本編は、海上保安庁が無人のヨットに立ち入った直後、東京湾アクアラインのトンネルが突如水没する場面から始まる。内閣官房副長官の矢口蘭堂は巨大生物の存在を正しく予見し、やがて怪獣は蒲田に上陸して進軍しながら赤色の2足歩行形態へと進化を遂げ、体温上昇に伴い一度海へと退却する。調査によってその代謝が核分裂に依存していることが判明し、両国政府から警告を無視された動物学者・牧悟郎教授がヨットに残した暗号化ノートから「ゴジラ」という名が与えられる。かつての2倍の大きさに成長して再上陸したゴジラは、自衛隊の防衛線を突破し、米軍のバンカーバスター（地中貫通爆弾）による空爆を受けると、口・背中・尾から放射熱線を撒き散らして東京の大半を火の海に変え、政府閣僚らを全滅させた後に活動停止に入る。国連による熱核攻撃のタイムリミットが迫る中、矢口らのチームは牧教授の解析を進め、ゴジラの血液と背鰭が冷却システムを構成していること、そして無性生殖によって無限に進化・繁殖可能であることを突き止める。核投下の数時間前、「ヤシオリ作戦」が発動され、ドローンでエネルギーを消費させ、ビル爆破や爆薬を積み込んだ電車（無人在来線爆爆弾）で転倒させ、甚大な犠牲を払いながら血液凝固剤を口から注入する。怪獣は東京の中心部で完全凍結する。放射性物質の影響は短期で終息し、都市の復興が見込まれる中、日本は再覚醒が即座の核攻撃を意味するという現実を受け入れる。そして凍りついた尾の先には、出現途中の小さな人型生物群が佇んでいた。