鋼の錬金術師 嘆きの丘（ミロス）の聖なる星

原作漫画に拠った『FULLMETAL ALCHEMIST』のストーリーラインをベースにしつつ、2003年版アニメを基にした『シャンバラを護る者』に続くシリーズ第2作目の映画である。人狼の合成獣、翼を持つ戦士集団「黒い蝙蝠」、水錬成を得意とする錬金術師、異形の要塞テーブルシティなど、完全オリジナルストーリーと新キャラクター群が登場する。

物語はクライトン一家が故郷を追われてクレタへと逃れる中、両親を惨殺されて少女ジュリアが孤児となるところから始まる。歳月が流れた後、脱獄囚メルビン・ボイジャーによる錬金術を用いた脱獄事件が発生し、軍が調査すると逮捕された成長したジュリアの検閲写真と結びつく。彼女はアメストリスとクレタの国境に位置する要塞都市テーブルシティに収監されており、マスタング大佐は調査のためエドワードとアルフォンスを派遣する。二人の乗る列車は人狼の合成獣、次いでグライダーを操る自称「黒い蝙蝠」の襲撃を受ける。

ジュリアの脱走に乗じて現地に到着した兄弟は戦闘に巻き込まれ、アルフォンスはジュリアやメルビンと共に都市の最下層の谷へと転落する。そこで彼らはミロスの民の生き残りと出会い、ジュリアが反乱軍を率いていること、そして「黒い蝙蝠」が探しているのがエルリック兄弟のよく知る賢者の石（現地では別の名で呼ばれる）であることを知る。ミロスの人々は、クレタとアメストリスが次々と都市を強奪し、ランダムに出現する石の採掘を強いてきた歴史を語る。

ジュリアが「黒い蝙蝠」を率いて軍の支配を打ち破ろうとするが主力が失敗し、流血の中から新たな石が誕生する。彼女の家族を殺害した男が現れると、兄弟の制止を聞き入れずジュリアは賢者の石を呑み込んでその力を爆発させる。マスタング、ホークアイ、ウィンリィ・ロックベルが軍と共に到着し暴動に対応する。最終的に占領軍は放逐され、谷の生存者たちは都市を取り戻してミロス独立国を宣言し、エルリック兄弟は解放された都市が山々の彼方へと消えていくのを見送りながら列車に乗り込むのだった。

村田和也が監督を務め、ボンズがアニメーション制作を手がけた本作は、2011年7月2日に日本で劇場公開された。北米ではボルチモアのOtakonにて字幕版が初公開され、監督とのトークセッションも行われた。Funimationが2012年初頭に北米劇場公開を実施し、同春にパッケージ化された。『FULLMETAL ALCHEMIST』の展開に属するものの、実質的にはパラレルストーリーであり、アルフォンスが錬成陣なしで錬成できるようになり、かつマスタングの部下が分散される前の時系列（ロイがラストとの戦いから回復途中）に位置すると見られる。

本作は新キャラクターによる完全オリジナルストーリーを描いており、ビジュアル面でもTVシリーズとは異なり、鮮やかな色彩、フラットな影、丸みを帯びた髪の造形が特徴的である。ミロスは二大国に挟まれたもう一つのイシュヴァールに例えられるが、ここでは血赤の星が与える錬金術的パワーのために土地が奪い合われている。仮に正史であったなら、エドワードがより強力な賢者の石を生み出そうとする「お父様」の計画を見抜く過程が描かれていたことになる。