終章（Final Act Saga）

単行本第32巻から第42巻に収録された第307話から第431話までを描き、物語全体を完結へと導くサガ。アニメ版では第132話から第171話までに対応している。「敵＜ヴィラン＞崛起編」に続くエピソードであり、後続のサガは存在しない。

この時代は3つの大きな危機に晒されている。広大な都市部が壊滅し、死亡や引退によって現役のプロヒーロー数が激減、さらに国内最悪の犯罪者たちが野に放たれたままである。ヒーローに対する信頼は失墜し、その信頼の上に成り立つ社会秩序は崩壊し始めている。オール・フォー・ワンは再び姿をくらまし、傷ついた肉体を回復させるため死柄木弔は潜伏している。そして、二人が狙う標的は、緑谷出久の内に秘められた力であった。

クラスメイトが自分を狙う出久の巻き添えになるのを防ぐため、出久は雄英高校を去り、オールマイトや上位3名のプロヒーローと極秘裏に連携する。自らを囮にして敵＜ヴィラン＞連合、超常解放戦線、タルタロス脱獄囚を炙り出しつつ、オール・フォー・ワンと死柄木弔の潜伏先を追う。一人で全てを背負い心身ともに摩耗していく出久だったが、1年A組の仲間たちが彼を追い詰め、単独行動を拒絶する。爆豪勝己は長年の残酷な仕打ちを謝罪する。雄英へ連れ戻された出久に対し避難民たちは強い敵意を示すが、麗日お茶子の必死の訴えが人々の心を動かす。

ステインからもたらされた情報により、死柄木の肉体完成が想定より遥かに早いことが判明し、オールマイトは海外へ応援を要請する。これに応じたのがアメリカNo.1ヒーローのキャスリーン・ベイト（スターアンドストライプ）であった。オール・フォー・ワンは彼女の現実改変能力「新秩序（ニューオーダー）」を狙い、自身と精神が融合しつつある未完成の死柄木を派遣する。彼女は命を落とすが、最期に自らの「個性」をウイルスへと書き換え、死柄木が奪った複数の「個性」とともにニューオーダー自体を破壊し、死柄木の潜伏・回復期間を再び引き延ばすことに成功する。その後、ヒーロー側は青山優雅が雄英内部の内通者であったことを突き止める。彼は幼少期にオール・フォー・ワンから「ネビルレーザー」を与えられ、脅迫されて情報を漏洩していたのだった。クラスメイトたちは青山を見捨てることなく、彼を敵を引き寄せる囮として活用する作戦を立てる。

青山の通信を利用し、物間寧人が黒霧の「ワープゲート」を模倣することで、ヒーロー側は日本各地に分散した戦場へ主要なヴィランたちを一斉に分断・転送し、互いの連携を断つ。しかしトガヒミコによって出久が予期せぬ戦場へと引きずり込まれ、プロヒーローたちは空中要塞と化した雄英校舎で、「個性特異点」により異形化した死柄木を食い止めなければならなくなる。轟焦凍は「燐」で兄である荼毘を鎮圧するが、荼毘はその技を模倣して復活する。エンデヴァーはオール・フォー・ワンを追い詰めるが、オール・フォー・ワンは「個性」破壊薬を逆転させた「巻き戻し」の薬で全盛期の肉体を取り戻す。爆豪は致命傷を負うが、生存するヒーローたちの必死の処置によって命を繋ぐ。遅れて戦場に到達した出久は、死柄木とオール・フォー・ワンの融合体に対し、ワン・フォー・オールの全力を解き放つ。

スピナーが黒霧を解放して戦況を混乱させ、トガはトゥワイスの顔を借りて分身を無数に生み出し混乱を増幅させる。死柄木が一時的にオール・フォー・ワンの支配を跳ね除けたため、本体のオール・フォー・ワンは自ら転送を完了させようと急ぐが、残されたヒーローたちが彼を足止めする。轟一族は結集して荼毘の自爆を阻止する。お茶子はトガの分身攻撃に耐え抜き、二人は互いの思いを理解し合うが、お茶子の命を繋ぐためトガは自らの命を捧げる。パワードスーツを纏ったオールマイトがオール・フォー・ワンを極限まで追い詰め相打ち覚悟で戦う中、復活した爆豪が割り込み、止めの一撃を叩き込む。これにより巻き戻し効果が加速し、ヴィランは完全に消滅する。追い詰められた出久は、すべての個性因子を死柄木の体内に打ち込むことで彼の心の奥底にある悲しみに到達するが、オール・フォー・ワンの残留思念が肉体を乗っ取り、死柄木の人生すべてが自分の仕組んだ筋書きであったことを明かす。出久とクラスメイト、そして生き残ったヒーローたちは最後の総攻撃を仕掛け、死柄木の肉体が崩壊する中、その存在を完全に撃滅する。

復興は国家事業となり、全国でヒーローたちが中心となって再建が進められる。3年生が卒業し、1年A組の生徒たちは進級、心操人使が編入し、青山は贖罪を続けるため雄英を去る。出久はワン・フォー・オールの残り火のみとなった状態を受け入れ、死柄木の最期の言葉をスピナーへと伝える。轟家は残されたわずかな時間をともに過ごすため、衰弱していく燈矢のもとを訪れ、お茶子は傍らに出久が寄り添う中でトガの死を悼む。

8年後、再び無個性となった出久は雄英高校で教師を務め、かつてのクラスメイトたちはプロヒーローとして活躍していた。ヒーローを目指す少年の背中を押した出久のもとに、オールマイトからサポートスーツが授けられ、彼は再び仲間たちとともに現場へと復帰する。旧友たちとの再会の中、出久とお茶子は互いへの秘めていた思いを打ち明け合うのだった。