編

1年A組の生徒たちが初めてヒーローコスチュームに身を包み、ヒーロー組とヴィラン組に分かれた2対2の屋内対人戦闘訓練に挑む。注目の対戦カードでは、長年勝利して当然と信じ込んでいた幼馴染と緑谷出久が激突し、その結果が二人の関係と意識を大きく変えることになる。

刑務所が開放され、ヒーローという職業自体が崩壊し始める中、出久は自らを囮とするために雄英高校を去り、次第に学生らしさを完全に失っていく。2人の刺客、ヒーロー殺し、そして屋上からの少女の大声での演説が、彼が足を止めることを許されるかどうかを決めることとなる。

3人の少年たちが、実の息子だけを指名したと公言する新No.1ヒーローのもとでインターンを開始する。そこで彼らが得たのはスピードの教えと、過去の自分を変えようともがく男の姿を特等席で見届ける経験であった。その裏で、敵の懐深くに潜入したスパイが1冊の本の中に警告を忍ばせていた。

『僕のヒーローアカデミア』の序章エピソード。現実を見ろと言われ続けて生きてきた「無個性」の少年が、世界最強の「個性」を持つ男からその力を譲り受ける。すべてを決する入試までの間に、10ヶ月間に及ぶ過酷な肉体改造が立ちはだかる。

オール・フォー・ワンと死柄木弔が去り、物語の最終章は支払うべき代償の残算に充てられる。遅れて執り行われる卒業式、壊してしまったものに向き合う家族たち、救えなかった者を背負って生きる生存者たち、そして1年A組は出久が戦争を終わらせるために何を差し出したのかを知ることとなる。

『僕のヒーローアカデミア』の第3にして最後のサガは、崩壊しつつある日本から始まる。都市は破壊され、タルタロス脱獄によりオール・フォー・ワンが解き放たれ、人々は平和を守るはずのヒーローたちへの信頼を失っていた。ここから、緑谷出久の単独行動、最終決戦、そしてすべての元凶との最後の決着が描かれる。

雄英高校1年生の期末試験は罠であった。誰もが対策していたロボット演習ではなく、1年A組の生徒たちは二人一組のペアで自らの教師陣と戦うことになり、最も過酷な組み合わせとして緑谷出久と爆豪勝己がペアを組みオールマイトに挑む。同編の結末では、死柄木弔がそれまで欠けていた確固たる信念を見出すことになる。

航一は就職活動に励み、パーカーを脱ぐ覚悟を決めていた。人気は自分の本当の気持ちを伝えられず、彼女の言葉に耳を傾ける親切な新マネージャーの正体は、まさにこの時を長年待ち望んでいたヴィランだった。彼が彼女を利用して作り上げたものは鳴羽田を舞台へと変え、引退間際のヴィジランテに過去最も過酷な疾走を強制する。

オール・フォー・ワンはついにワン・フォー・オールを追い詰めたと信じ、自らのために用意された舞台へと踏み込む。偽りの内通者、複製されたワープゲート、そして『トロイ』と名付けられた檻のシステムが日本全国に敵（ヴィラン）を分散させ、すべての戦場がそれぞれの結末を迎える。

夏休み、猫のコスチュームに身を包んだプロヒーローたちとヒーローを嫌う少年のもと、2つのクラスが『個性』を限界突破させるため山奥へと入る。3日目の夜、森に毒ガスが立ち込め、訓練は10人の敵（ヴィラン）が仲間ひとりのために子供たちを狙う狩り場へと変貌する。

公の謝罪は偽装であり、ピザの配達は奇襲であり、戦わないと約束した5人の生徒たちはそれでも向かう。誰ひとりとして予期していなかったのは、敵連合の黒幕が闇の中から姿を現すこと、そして世界最強のヒーローの最後の1時間であった。

ついに2つのクラスが決着をつける。4対4の5回戦、普通科の生徒が「自分の個性にはふさわしくない」と言われた場所を勝ち取るために両チームで戦う。そして緑谷出久の「個性」の中で、彼より前の8人の誰も存在すら知らなかった何かが目覚める。

今回ばかりはヴィラン連合が物語の主役となり、それを示すかのようにシリーズのタイトルまでもが変更される。金欠に陥り、追われ、傷ひとつつけられない化け物の服従を命じられた彼らは、自らを抹消しようと目論む10万人の狂信者が待つ街へと呼び出される。泥花市から帰還した組織は、もはや以前の彼らではなかった。

警察と憧れていたヒーローたちの双方から追われる身となった灰回り航一は、『ヴィジランテ』最終章で居場所を失う。6号はその混乱に乗じて長年企ててきた計画を実行に移し、ひとつの街が二度と後戻りできない決闘の舞台となる。

大阪でのアイドルコンテストは、航一と歌歩に鳴羽田を離れる週末をもたらし、警察にも好機を与える。ファットガムと塚内刑事は同じ会場で任務につき、「ヴィラン工場」の新たなトリガー密売人を追うが、彼らが追跡する傷のある男のスピードは誰も予想できないものだった。

ホークスが潜入捜査で情報を齎し、タルタロスからの情報がそれを補完、国内のほぼ全てのヒーローが一夜にして「超常解放戦線」への一斉清掃作戦を開始する。しかし、一方の戦線では11ヶ月早すぎ、もう一方ではわずか数パーセント遅すぎたことで、作戦終結時にはヒーローという職業そのものが従来の形を失ってしまうのだった。

オールマイト不在となった初のヒーローランキングで轟炎司が頂点に立つが、国民は直ちに彼がそこにふさわしいのか疑問を抱く。九州で仕掛けられた脳無の襲撃により彼は身をもって応えることを余儀なくされ、一方で彼が家庭内に埋もれさせた罪は決して埋もれたままではいられないのだった。

雄英高校が全寮制となり、1年生たちは本格的にヒーローとして活動できるよう仮免許の取得を目指す。1500人の受験者がわずか100の合格枠を懸けて競い合い、他校のライバルたちは1年A組を徹底的に研究していた。そしてスタジアムの外では、オールマイトのいない世界がどのようなものかを社会が実感し始めていた。

雄英高校での1年A組の初日は見極めの場へと一変する。新たな担任教師は各生徒が生まれ持った力で何ができるのかを正確に把握しようとし、全員に除籍処分をチラつかせて本気を引き出そうとする。一方、出久は借り物の力が自らのものになり得ることを証明しなければならなかった。

勝己と焦凍は同じ理由で仮免試験に落ちた。どちらも普通の人の心に歩み寄ることができなかったからだ。補講で二人に突きつけられたのは、敵意に満ちた小学生で埋め尽くされた体育館と、力づくでは解決できない課題。そしてエンデヴァーは、他の誰も問おうとしない一つの質問をオールマイトに投げかける。

本シリーズの第2章となる長編は、「平和の象徴」が引退し、最大の罪人が収監された後、世界がどうなるのかを問う。およそ200話にわたるその答えは、空白は急速に埋まるというものだった。極道、思想家、そして憎しみの中で育った少年が、オールマイトの残したものを求めて手を伸ばす。

雨の中の捨て猫をきっかけに、相澤消太の記憶は16年前の雄英高校の夏へと遡る。自らの“個性”を無用だと信じ込んでいた彼と、それを認めようとしなかった二人の同級生の物語。ゴーグル、首の捕縛布、除籍処分、そして本編では誰も生きて出会うことのなかった親友の原点が明かされる。

大学の先輩が卒論の協力と引き換えに航一に勉強を教えると申し出るが、その卒論はなんと彼自身に関するものだった。救助活動を撮影会のように扱うアメリカンヒーローや、息子が捏造した彼女について追及するため電車でやってくる母親が加わり、鳴羽田で最もつつましいヴィジランテには隠れ場所がなくなってしまう。

ヒーローインターンにより、生徒たちはプロヒーローとともに実際の事件に挑むことになる。そこで彼らを待ち受けていたのは、少女の体から「個性」を消失させる薬を抽出する極道組織の若頭であった。エリを救出する代償として、ヒーローたちは「個性」、師、そして未来が確定しているというすべての確信を失うことになる。

アメリカのヒーローの送別コンサートは、ナンバーシックスが改造爆弾ヴィラン（ボンバー）を日本一のタワーに向けることで、大惨事を引き起こす罠へと変貌する。崩壊寸前の建造物の中に何千人もの観客が取り残される中、誰もが姿を消したと思っていた師匠が、はるか遠くの屋上でライフルを構えていた。

アメリカ最強のヒーローが、もはや単一の存在ではなくなりつつある敵（ヴィラン）を仕留めるべく日本へと飛翔する。繰り広げられるのは全編上空での空中戦。力よりもアイデンティティの問いによって決するその戦いは、双方に取り戻せない代償を支払わせることとなる。

仮面の剣士が自らをヴィジランテと名乗り鳴羽田に現れ、ある一夜は味方のように見えた。しかし彼の正義の定義が明確になり、殺人鬼を止めるには最も不向きな3人がとにかく立ち向かわなければならなくなる。彼が敗北から学んだものは、持ち込んだものよりも凶悪なものだった。

グッズの打ち合わせ、破滅的な合コン、そして触手を持つ暴漢によって、鳴羽田のアマチュアたちは本物のプロヒーローたちと共闘させられることになる。コメディの裏側で、警察はついに大阪の高速ヴィランを特定し、香港ではヒゲを蓄えた旅人が薬物ではなく情報を求めて姿を現す。

本シリーズの開幕を飾る長編は、「無個性」の少年が学校でのいじめから世界最強の「個性」を継承するまでを描き、「平和の象徴」の死を望む敵を登場させ、誰もが倒れないと信じていた男の引退で幕を閉じる。

1年A組はライブバンドとダンスフロアに自らの評判を賭け、出久は助け出した一人の少女の笑顔に、より密やかで重みのある想いを賭ける。一人の健気な相棒を従えた紳士的な義賊が文化祭への乱入を目論み、門前に立ちはだかるのは一人の生徒だけだった。

日本中が見守る中、将来スカウトを行うプロヒーローたちの前で雄英高校1年生たちが激突する。出久は「次のオールマイト」として名乗りを上げるよう期待されるが、その野心が渦巻く渦中で、人生の半分を占める自身の片側を拒絶し続けてきた一人の少年と衝突することになる。

命を落としたヒーローが稼ぎ出したわずか1週間という時間が、全ヒーローに与えられた準備期間のすべてだった。そんな中、ついに雄英高校内部のスパイが判明する。長年にわたり敵に位置情報を流し続けていたクラスメイトこそが、オール・フォー・ワンを欺くことのできる盤上唯一のコマであった。

一人の刑事が7年前の捜査資料を再調査し、大阪の立体駐車場で開かれていた違法格闘リング、そこで潜入捜査を行っていたヒーロー、そして敗者から「個性」を奪い取る影の存在に行き着く。彼が導き出した答えは、決して到達してはならない真実だった。

災害を擬似体験するために作られた施設での救助訓練は、オールマイトを狙う数十人のヴィランがワープしてきたことで本物の事態となる。1年A組の生徒たちは助けを呼ぶ手段もないまま、水害や土砂災害の擬似エリアへと散り散りにされ、訓練の真の価値を思い知ることになる。

役に立たない「個性」を持つ大学生がゴミ拾いをしてヒーロー気取りをしていたが、無「個性」の殴り魔の老人がその少年に正義の資質を見出す。二人と逃走中のアイドルの前に、一般市民を怪物に変える薬物が立ちはだかり、公式の誰もが誰がそれを摂取したのか見分けられずにいた。

職場体験によって生徒たちは全国各地へ散らばり、出久はオールマイトの師匠である一見ボケた老人と巡り合う。保須市では、兄を再起不能にした男を追う少年が宿敵を発見し、その遭遇は生徒たちに教訓を与える前に、3人の生徒全員に代償を支払わせることになる。

『ヴィジランテ -僕のヒーローアカデミア ILLEGALS-』の第4章にあたる本作では、鳴羽田で巻き起こるトリガー危機が危険水域へと達する。羽山歌歩がアイドルキャリア最大のステージに挑む一方、ナックルダスターは娘を連れ去った蜂を操るヴィランを追い、二つの物語はデパートの屋上で交錯する。