天地橋偵察任務

この編は物語の第二部の幕開けであり、原作の第282話から第310話、単行本ではおよそ32巻から35巻、そして疾風伝のアニメ化では第33話から第53話までをカバーしている。アニメ版では遥かなる再会という別称が付けられている。風影奪還任務の後に出来事が続き、漫画はその後に暁討伐任務へと進むが、アニメでは代わりに守護忍十二士編へと繋がる。

はたけカカシが病床に臥せり指揮を執れない中、綱手はサソリのスパイとの会合が10日後に設定されていることを知る。不在のサスケの代役を必要としていたナルトは正体不明の襲撃者に待ち伏せされるが、それはダンゾウが補充として派遣した根の工作員、サイであった。ご意見番のホムラとコハルはナルトが暁の手に落ちることを懸念したため、綱手は暗部のテンゾウ（コードネームはヤマト）を部隊の暫定隊長に任命し、草隠れの天地橋へと送り出す。

ナルトとサイの間には摩擦が生じ、サイはかつてのナルトとサスケの対立を真似るようにサスケの離反について無神経にチームを刺激し、ついにサクラに殴り飛ばされる。待ち合わせ場所でヤマトはサソリに変装するが、スパイは薬師カブトであり、彼にかけられたサソリの術はとうの昔に解けていることが判明する。大蛇丸が姿を現し、カブトが変装を打ち砕く。大蛇丸は木遁の血継限界を再現するためにヤマトやその他何十人もの実験体に初代火影の細胞を注射したこと、そしてヤマトが唯一の生存者であることを誇らしげに語り、サスケのことでナルトを挑発する。激怒したナルトは三本の尾を生やし、やがて四本目へと至る。

回想シーンでは、自来也との修行時代にもこれと同じ四尾の暴走が起こり、彼が鎮圧する前にあわや蝦蟇仙人を殺しかけたことが明かされる。九尾のチャクラは猛烈な速度で治癒しながらナルトの肉体を焼き、細胞分裂を加速させ、密かに彼の寿命を削っていた。この狂乱状態で彼は大蛇丸と互角に戦うが、橋の上に投げ返され、近づいてきたサクラに攻撃を加えてしまう。ついにヤマトが接近して抑制の術を使い、ナルトを人間の姿に戻し、負傷したサクラに彼の傷を手当てさせる。

ダンゾウの使者であることが露見したサイは、大蛇丸やカブトと共に去るが、ヤマトはチャクラに反応する種を彼らの食事に忍ばせており、それを利用して一行を隠しアジトまで追跡する。サイのスケッチブックには、彼と兄貴分の姿を描いた未完成のページが残されていた。基地の内部で部隊はサイを解放したのち再び拘束するが、サイは予想外にもカブトを取り押さえる手助けをする。回収されたサスケが載っている手配書から、サイの残りの命令が明らかになる。それは抜け忍であるうちはサスケを始末することだった。チームは二手に分かれ、ナルトはついに再びサスケと真っ向から対峙する。

サスケはナルトがすがる絆を冷酷に拒絶し、千鳥流しと草薙の剣を振るって部隊を散らしヤマトを負傷させる。ナルトが部分的な九尾化を始めると、サスケは彼の精神世界に侵入して九尾を檻の奥へと押し戻す。その際、九尾はサスケの邪気をうちはマダラに例え、ナルトを殺さないよう警告する。大蛇丸が間に合ってサスケのとどめの一撃を制止し、三人は撤退する。

部隊は里に報告し、そこでナルトは綱手に追跡を諦めていないと断言して新たな任務を獲得する。サイはダンゾウのもとへ戻るが、ダンゾウは不機嫌になり、感情的な繋がりは苦痛を生むだけだとサスケを証拠に挙げて警告する。最近の出来事を振り返り、サイは自分が本物の友人を得たことに気づき、次の任務に向けてナルト、サクラ、ヤマトに合流する。この編は、ナルトが昔の第七班の写真を見つめ、それが撮られた日を思い出す場面で締めくくられる。