根

暗部養成部門としても知られる「根」は、木ノ葉隠れの里の暗部の訓練組織として始まった。志村ダンゾウが創設して指揮を執り、里にとって有益と考えるあらゆる作戦を遂行するために利用した。「根の意志」と呼ばれる中心教義では、工作員たちを遥か地中深くから木ノ葉という大樹を支える見えざる手と位置づけていた。この信条は、里の悪口を言っただけで潜在的な脅威と見なされた人々を、実際に里に対して何の罪も犯していなくても暗殺するなど、数々の非道な行いを正当化した。何よりも秘密主義を重んじ、その活動の大部分は闇の中で行われた。木ノ葉の指揮系統のどの連鎖にも属さず、通常の暗部以上に嫉妬深いほどその機密を守った。「根」は、ダンゾウ自身が首謀したうちは一族滅亡の事件の後、公式には解体されたが、彼が死ぬまで秘密裏に存続した。ヒルゼンが閉鎖を命じた後でさえ、メンバーはダンゾウを支持し、火影よりも彼の言葉を優先した。ダンゾウの死後、サイは生き残った者たちに、次期火影の最有力候補であったはたけカカシを頼るよう助言した。

「根」は残忍な方法で工作員を鍛え上げた。各メンバーの舌の裏には呪印が刻まれ、ダンゾウや組織に関することを少しでも漏らそうとすると、その呪印が全身を硬直させ、捕らえられて尋問されても決して秘密が漏れないよう保証していた。この印はダンゾウが死んだ瞬間に消滅した。感情を消し去るため、ダンゾウは新兵たちを少年時代から兄弟のように並んで育て、その後互いに殺し合わせるという、霧隠れの里のアカデミーの古い卒業試験とほとんど見分けがつかない訓練を課した。メンバーは暗号名で呼ばれ、彼らの多くは自分が生まれた時の名前をもう覚えていなかった。刀の代わりに刃先のない短刀を携行し、通常の暗部の外套と仮面の下には、肩に赤い紐のついた黒い丈の短いジャケット以外に制服を持たず、それぞれ独自の服を着ていた。また、組織は徐々に時間をかけた洗脳にも頼っており、薬師ノノウがカブトを認識できなくなり彼を始末しようとするよう、一連の写真をゆっくりと作り変えたこともあった。

この組織の任務の記録は長く、そして濁っている。ダンゾウは信楽タヌキにハシラマの細胞から兵器「牛頭天王」を造らせ、ノノウを岩隠れの里に送り込み、カブトをスパイとして各国の大きな里に潜入させた後、この2人の工作員が殺し合うよう仕向けた。その他の任務には、和平交渉を破綻させるために岩隠れの里を陥れること、半蔵を同盟に誘導すること、サイにうちはサスケの暗殺を命じることなどがあった（この任務は最終的にサイが放棄した）。ペインが里を荒廃させている間、ダンゾウは「根」を防衛に参加させず、この災難が自らの火影就任への道を切り開くという賭けに出た。五影会談へ向かう際、彼はフーとトルネを護衛として連れて行き、他の工作員にはアンコとカブトを尾行させたが、これらの計画が実を結ぶ前にトビが護衛たちを連れ去り、サスケがダンゾウを貫いた。

志村ダンゾウは「根」を創設し指揮を執った。メンバーを自ら選び抜き、油女、山中、うちはなど、希少な才能を持つ一族からの新兵を好んで採用した。サイは最もよく知られた顔となり、最終的にダンゾウの命令に背き、後には残されたメンバーをその遺物から解放するために尽力した。アニメでは、ヤマトがダンゾウが自らの手で訓練した唯一のメンバーであった。情報収集のスキルを評価されていた薬師ノノウは、感情を捨て去ることができなかったため不適格と見なされ、カブトの手にかかって最期を遂げた。薬師カブトは「根」のためにスパイ活動を行った後、大蛇丸と共に離反した。フーとトルネはトップの二人組としてダンゾウの護衛を務めた。一方、信楽タヌキは追放後も「牛頭天王」の計画を推し進め、その怨念を娘のスミレに引き継いだ。第四次忍界大戦が終結した後、綱手はカカシと共に里の者たちの身元調査を保留し、ツミキ・キドやマギレのような元工作員が静かに正規の暗部へ戻れるようにした。