軍艦島編

アニメのオリジナルストーリーの中で最も初期のものであるこの編は、完全にテレビ放送用に書かれたもので、尾田栄一郎が描いたどの章にも由来しない。イーストブルー編の終わりに位置し、ルフィが新しく懸けられた3千万ベリーの懸賞金を持ってローグタウンを出航した直後から始まり、リヴァース・マウンテンを登ってグランドラインに入る直前で終わる。アニメ初のオリジナル編であったため、スタッフは後のほとんどのアニオリよりも高く目標を掲げ、オリジナル要素をいくつかの完全に正史（カノン）のシーンに織り交ぜた。その試みは同時に、正史には存在しない海軍の階級から、漫画では長く架空の存在として扱われていた竜の登場まで、尾田が後に確定させる事実との間に一連の矛盾を生み出すことにもなった。

アピスという少女が海軍第8支部の船から脱走し、逃げる際に船を転覆させ、小さなボートで漂流する。支部の太って動けない提督ネルソン・ロイヤルは、若返りの秘薬の鍵を彼女が握っていると信じ、爪を持つ傭兵「カマイタチのエリック」に彼女の奪還を命じる。カモメに囲まれ魚の群れと間違われたアピスはゴーイング・メリー号にすくい上げられ、一味は少しずつ彼女の信頼を得ていく。彼女が悪魔の実の能力で動物と会話できること、そしてずっと前に絶滅したと思われていた千年竜と友達になり、それを故郷に帰したいと願っていることを彼らは知る。

2つの問題が彼らの行く手を阻んでいた。1つは、海軍の艦隊が金になる薬のためにその竜を狙っており、密かに竜を独り占めしようと企むエリックを雇っていること。もう1つは、竜の故郷が実際にどこにあるのか誰も知らないことである。道中、一味は誤って凪の帯（カームベルト）に入り込み、巨大な海王類に遭遇し、軍艦島へと急ぐ前に何とか逃げ出す。そこから物語は、千年竜をその故郷と再会させ、アピスを喜ばせ、エリックの企みから逃れるための一味の奮闘へと変わっていく。

この編の最後のエピソードはリヴァース・マウンテンの話に戻り、エリックが最後の一撃のためにメリー号に密航し、ナミに海へ突き落とされるシーンが追加されている。この編は後のアニオリに微かな影響を残しており、「オーシャンズドリーム編」の悪役タツは千年竜になることを熱望し、動物を理解するルフィの力は、奇妙なことに後の正史における海王類の声を聞く才能を予見していた。4Kids Entertainmentの吹き替え版ではこの編全体がカットされ、皮肉にも原作通りにローグタウンから直接グランドラインへと航海することになった。どのアニオリ編も小説化されたことはないが、この編だけは2001年に『千年竜の伝説』として小説化され、尾田が活字で称賛したと知られている唯一のものである。また、シリーズディレクターの宇田鋼之介は後に、千年竜のアイデアはかつて劇場版の映画のために提案されたものだったと語っている。