異常発生！探せ！Dr.ベガパンク

立ち上がった戦桃丸は、世界政府のエージェントたちに対してパシフィスタマークIIIを送り込む。ボニーは父親の記憶を探るために出発する。シャカはベガパンクが行方不明になったという事実を含め、現在の状況を他の者たちに説明する。ルフィとゾロはルッチとカクを見張るために残り、それ以外の全員は博士を探しに出発する。

ファビリオフェーズを完全に制圧した政府のエージェントたちは、真空ロケットを破壊しベガパンクをラボフェーズに閉じ込めようと動く。しかし強力な光線が彼らをなぎ倒し、彼らはその攻撃の主が、頂上戦争に投入されたユニットの改良型であるパシフィスタマークIIIであることに気づく。怪我から目を覚ました戦桃丸が、全50体を解放したのだ。一方ボニーは、巨大な肉球を使ってベガパンクを部屋から弾き飛ばし、彼の警告を無視してそれに触れ、くまの過去へと入り込む。そこで彼女は草原で泣いている幼いくまを発見する。コントロールルームでは、ルフィのDOMシューズが飛ぶ能力を失ったため、無駄な捜索を諦める。エジソンとリリスはアトラスの修復が完了したと報告するが、シャカはフロンティアドームの制御を完全に失い、監視カメラが破壊された今、ベガパンクの居場所を特定できないと認める。ピタゴラスが探し続ける中、一味も捜索に加わる。

はるか海の向こうでは、モルガンズが世界経済新聞の紙面でエッグヘッド事件を報じようとしており、ベガパンク暗殺未遂をルフィの仕業にしようと企んでいる。捕獲を免れワポルと共にモルガンズの飛行船に匿われているビビは、捏造の見出しについて彼を叱責する。アニメでは、アトラスの回復に対するリアクションや捜索チームへの分担など、ラボフェーズでの集まりのシーンが引き伸ばされている。このエピソードはエッグヘッド編の一部であり、イヤンエノ・チノデが初登場する。