ウィーラー編

ウィーラー編は単行本第12巻から第13巻の第79話から第89話にかけて描かれ、アニメ版ではシーズン3の第47話後半から映像化されている。バスジャック編と期末考査編の間に位置し、西国情報局通信部門の優秀な寝返り者であり、持ち出した機密文書にオペレーション〈梟〉を含む東国での作戦の暗号化マップが含まれているウィンストン・ウィーラーとWISEの攻防を描く。

コメディタッチのプロローグでは家庭での危機が描かれる。職場の飲み会で酔ったヨルは、愚痴をこぼす同僚たちに合わせようとロイドへの不満をでっち上げる。しらふでそれを再現しようとした不器用な試みにより、ロイドは彼女が自分たちの共同生活に不満を抱いていると思い込んでしまう。その誤解が解けぬまま、フィオナから機密書類盗難の報告が入る。両情報機関はウィーラーがSSS（東国国家保安局）へファイルを渡そうと企む東国北西部のシェルベリーへと急行する。

ロイドは、ドノバン・デズモンドへの長年の接近工作を無駄にすることを拒み、東国での全作戦を破棄して出直すというフィオナの提案を退ける。ウィーラーに変装したロイドはSSSの一隊を足止めするが、宝石付きタイピンに関する意図的な嘘のディテールによって、彼とWISEへの密告者であったSSS将校ジェフリーの正体が暴かれてしまう。仕掛けられた罠を破り地下水道へ逃げ込んだロイドは本物のユーリと衝突し、二人は互いの正体に気づかぬまま、銃撃戦から拳を交える激闘へと突入する。勝利したロイドは止めを刺すことに二度躊躇し、うわ言でヨルに謝罪するユーリの声を聞いて彼を生かして去る。地上では、フィオナが自動車事故を装って野次馬の反応からウィーラーを炙り出すが、彼がエージェントを人質に取ったことで見失ってしまう。しかし彼女は地下道で彼を追い詰める。そこでは変装したロイドがすでに倒され、正体を暴かれかけていた。ウィーラーは黄昏への執着が彼女の限界だと嘲笑するが、怒りに燃えるフィオナは自らの腕と脚の骨を砕きながらも彼を叩きのめし、拘束したウィーラーをエージェントたちがシェルベリーから連れ出す。

帰宅後にはそれぞれの顛末が待っていた。ヨルは愚痴が嘘だったことを笑顔で明かし、ロイドは安堵のあまり床に崩れ落ちる。しかしユーリが黄昏につけた腕の傷を確かめようと突入してくる。ロイドの変装術によって袖の確認はパスしたものの、疑惑の種は芽生えてしまう。フィオナが療養する間、病院のシフトを代わっていたシルヴィアは、フィオナの無茶が誰のためだったのかを静かに見抜いていることを伝える。その後、母親のメリンダから二人の仲が深まることを願うカードと共に手に入れたケーキを、アーニャに不器用に贈るダミアンの姿や、同僚クロエからの平手打ちと「自分が死んだらヨルがどう思うか」という説教によって立ち直るユーリの自信喪失など、明るいエピソードが続く。

今や両機関ともに内部に情報漏洩者がいることを知っており、ウィーラー自身はWISEの身柄拘束下にある。より深刻な影響は個人レベルに及んでいる。ユーリと黄昏は任務上で初めて交錯し、ユーリはロイド・フォージャーこそが追っているスパイではないかという恐ろしい疑問を抱き始める。ロイドはヨルの弟に対して躊躇し、彼女への自身の感情に疑問を抱いていることに気づく一方で、シルヴィアの意味深な言葉により、フィオナの献身はWISE内でオープンシークレットとなる。また、本編ではユーリの同僚であり大学の同期でもあるクロエが初登場する。